在學(xué)習(xí)用SOAPdenovo2組裝基因組的過程中，發(fā)現(xiàn)配置文件需要填average insert size這一項。建庫過程我是沒有參與的，所以就不知道insert size到底多大（以后這種情況盡量避免，畢竟建庫是很重要的）。搜了搜谷歌，找到了答案，作者以BBMap為例介紹了三種基本方法，適用于不同的情景——Average Insert Size

• 基于比對，需要參考基因組；
• 基于重疊，read1 + read2 > insert；
• 基于組裝，需要足夠的測序深度和內(nèi)存來組裝基因組。

我的重測序數(shù)據(jù)應(yīng)該用第一種方法，如果是基于比對，那其他的軟件應(yīng)該也可以，有沒有呢？先留一個問題。

下載安裝

$ wget https://nchc.dl.sourceforge.net/project/bbmap/BBMap_38.26.tar.gz
#最近一次更新是2018年9月，作者真勤勞。
$ tar zxvf BBMap_38.26.tar.gz
$ cd ./bbmap
$ ls

太多了吧

$ ./../bbmap.sh in1=/ifs1/Grp3/huangsiyuan/learn_assemble/data/chr1_R1.fq \
 in2=/ifs1/Grp3/huangsiyuan/learn_assemble/data/chr1_R2.fq \
 ref=./chr1.fa ihist=ihist.txt reads=2m pairlen=1000 threads=4
#運(yùn)行了近三個小時才得到了ihist.txt文件，感覺比對有些慢

平均數(shù)，中位數(shù)等等以及insert size的頻數(shù)分布

insert size的頻數(shù)分布

所以平均insert size就取354左右吧！