Jaghoori, M.M., Bleijlevens, B. & Olabarriaga, S.D. 1001 Ways to run AutoDock Vina for virtual screening.?J Comput Aided Mol Des?30,?237–249 (2016). https://doi.org/10.1007/s10822-016-9900-9
Autodock vina是個popular分子對接軟件，因為其免費且結果質量較高，尤其是對具有8個或以上可旋轉鍵的配體。
Vina計算基于偽隨機生成。如果此類程序提供了相同的初始化（稱為種子），則會產生相同的行為。通過改變隨機種子，可以生成不同的對接結果，從而允許用戶選擇最佳結果。默認情況下，由于randomized seed，對接的結果可能會產生不同的配體-蛋白結合模式，不過vina可以顯式的指定initial randominization seed，docking結果可以完全重復。（注意，可能不同系統(tǒng)運行結果也會不同）
減小搜索空間（docking box）和增大找最小值的循環(huán)次數(shù)（exhaustiveness）可以幫助找到更好的結果。docking box的大小對對接時間的影響并不大，而exhaustiveness的大小顯著影響對接時間，對接時間線性增加。但是exhaustiveness只是重復執(zhí)行了vina多次，使用相同的種子。反倒不如使用不同的隨機種子，可能結果變化更多，更有可能找到最小的結合能。
小分子數(shù)據(jù)庫：
Nutraceuticals (Nutra) [25]: A small library of 78 compounds from the Drugbank containing, amongst others, diet supplements, often with therapeutic indication.一種從Drug Bank中提取的78種化合物的小藥庫，其中包括通常具有治療適應癥的飲食補充劑。
Human Metabolite Database (HMDB) [26]: This library with 2,462 compounds contains information about small molecule metabolites found in the human body.?這個包含2,462種化合物的文庫包含了在人體中發(fā)現(xiàn)的小分子代謝物的信息。
FDA Approved Drugs (FDA): Database of 3358 commercially available drugs that are approved by the FDA (US Food and Drug Administration) with acceptable safety/toxicity for medical treatments.?3358種經(jīng)FDA(美國食品和藥物管理局)批準的具有可接受安全性/毒性的藥品數(shù)據(jù)庫。
Zinc Natural Products (ZNP): This is the biggest library considered in our experiments, with 89,398 compounds, comprising nature-inspired drug-like compounds.?
使用這些數(shù)據(jù)庫是因為他們含有已知和可用的藥物，優(yōu)點是避免了長時間的藥物開發(fā)，從而可以快速進入藥物測試的更高級階段。其他的數(shù)據(jù)庫如DUD-E和Dekois是測試對接算法質量的benchmarks。當ligand中含有過多的可旋轉鍵，對接不準確。
如何虛擬篩選？
1. 采用vina提供的腳本
2. 采用Raccoon或者PyRx
