一般對(duì)于DNA數(shù)據(jù)，比對(duì)軟件一般使用：bowtie2、bwa

對(duì)于RNA數(shù)據(jù)，比對(duì)一般使用：hisat2、star

此處我們介紹Bowtie2的下載與安裝

1、Bowtie2下載地址

https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/latest/download

2、解壓后即可使用

-函數(shù)調(diào)用方法：通過文件路徑找到函數(shù)

-例如：/home/duck/Downloads/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64/bowtie2-build mm10.fa index

上行代碼中斜體刪除線為bowtie2-build函數(shù)所在位置（index代表對(duì)mm10.fa建立索引）

3、Bowtie2使用辦法（簡(jiǎn)潔明了版）

https://www.plob.org/article/4540.html

4、建立索引

/home/user/bowtie2/bowtie2-build mm10.fa?index

老規(guī)矩：斜體刪除線代表bowtie2-build文件所在位置（因人而異）

粗體刪除線代表準(zhǔn)備要建立索引的fasta文件

最后的index斜體代表產(chǎn)生的索引文件的名稱

5、得到六個(gè)索引文件

正常結(jié)束時(shí)，我們會(huì)得到六個(gè)文件，后綴分別為：.1.bt2，.2.bt2，.3.bt2，.4.bt2，.rev.1.bt2和.rev.2.bt2