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TCGA barcode

TCGA barcode 是TCGA項(xiàng)目中生物樣本數(shù)據(jù)的主要標(biāo)識符，接觸過TCGA數(shù)據(jù)的人想必對這一串由數(shù)字、字母和短橫線所組成的字符并不陌生，那么這一串?dāng)?shù)字的每一部分到底代表著什么呢？

接下來結(jié)合上下這兩張圖我們來看一下每一部分到底代表什么？

Creat barcode

TSS

樣本機(jī)構(gòu)來源，大學(xué)或其他研究組織，詳見 Tissue Source Site Codes。

BCR

BCR Batch Codes (BCR: Biospecimen Core Resource)，有點(diǎn)像項(xiàng)目類型或者說癌癥類型，一個編號對應(yīng)一個項(xiàng)目類型的樣本集。

Participant

項(xiàng)目參與者，指樣本來源于該項(xiàng)目的哪個人，每個人都有唯一的編號，所以TCGA-xx-xxxx就是代表病人水平的ID。取任何字母數(shù)字值。

Sample

代表樣本組織來源類型，腫瘤類型為01-09，正常類型為10-19，對照組為20-29。有關(guān)示例代碼的完整列表，請參見 Sample type。

Vial

應(yīng)該是把樣原始本分成了若干份，每份也都有編號。取 A 到 Z。

Portion

100-120毫克樣品份的順序，額。?？赡苡职衙糠輼颖居址譃閹追莅?，之后就用于具體的測序了。取01-99。

Analyte

分析物，是分析DNA還是RNA等，詳見 Portion / Analyte Codes。

Plate

96孔板序列中板的順序。取4位字母數(shù)字值

Center

將接收等分樣品進(jìn)行分析的測序或表征中心，詳見 Center Codes

參考： TCGA Barcode、TCGA Code Tables

覺得有用的老鐵麻煩點(diǎn)個小愛心~??