如何向NCBI的SRA上傳數(shù)據(jù)

首先訪問SRA的提交界面,https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/sra/,在沒有登陸NCBI時,網(wǎng)頁內(nèi)容如下所示

未登錄時

點(diǎn)擊Log in, 會進(jìn)入一個新的網(wǎng)頁用于登陸或者創(chuàng)建新的NCBI賬戶。

登陸NCBI

在創(chuàng)建完賬號或者登陸之后,返回之前的SRA上傳頁面,界面就變成了如下。

登陸后

他提示了有三種方法可以遞交:

  • Aspera瀏覽器插件
  • Aspera命令行和FTP上傳
  • Amzon S3方式

個人比較喜歡用Aspera命令行的方式(FTP對于國內(nèi)用戶或許有點(diǎn)慢)

在Apeara命令和FPT上傳選項中點(diǎn)擊如下的藍(lán)色小按鈕

預(yù)上傳文件夾

點(diǎn)擊之后,頁面就會發(fā)生變化,跳出每個用戶專門的預(yù)上傳地址,還有專門的上傳說明文字。

上傳地址

有了地址之后,下一步就是安裝Aspera, 在Aspera上選擇合適的版本,我裝的就是Linux版本。

wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.8.1/ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.tar.gz
tar xf ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.tar.gz
./ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.sh

安裝的內(nèi)容存放在~/.aspera/connect下。所使用到的命令如下

ascp -i <path/to/key_file> -QT -l100m -k1 -d <path/to/folder/containing files> subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/每個人都不同

<path/to/key_file>要點(diǎn)擊上圖中的Get the key file下載,然后上傳到服務(wù)器上。
<path/to/folder/containing files> 是你需要上傳的數(shù)據(jù)的本地路徑。

或者你對你自己的FTP速度有足夠自信的話,可以嘗試用FTP上傳,在FTP upload中找到地址、用戶名和密碼,以及要上傳的目錄,

FTP upload

之后就隨便找一個圖形化的FTP工具上傳即可,例如FileZilla

FileZilla

所有數(shù)據(jù)上傳之后,你可以點(diǎn)擊頁面的New submission創(chuàng)建一個新的上傳任務(wù)。

然后就是一步一步的填寫信息,將你預(yù)先上傳的數(shù)據(jù)和你的項目進(jìn)行關(guān)聯(lián)。這里的SUBXXXX是臨時的,完成上傳后就自動無效,并且還可以反悔中途取消掉。

填寫信息
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