minimap2是我們在基因組分析過程常用的一種工具，但是它的參數(shù)很多很復雜，現(xiàn)在我將各項參數(shù)的內(nèi)容和用法進行解析。

Indexing:
  -H: 使用同源聚合的k-mer（適用于PacBio數(shù)據(jù)）
  -k INT: k-mer的大小（不超過28）[默認值：15]
  -w INT: minimizer窗口大小 [默認值：10]
  -I NUM: 每個~NUM輸入堿基分割索引 [默認值：4G]
  -d FILE: 將索引轉(zhuǎn)儲到文件中 []

Mapping:
  -f FLOAT: 過濾掉頂部FLOAT比例的重復minimizer [默認值：0.0002]
  -g NUM: 如果在INT-bp內(nèi)沒有minimizer，則停止鏈條延伸 [默認值：5000]
  -G NUM: 最大內(nèi)含子長度（在-xsplice模式下有效；更改-r）[默認值：200k]
  -F NUM: 最大片段長度（在-xsr模式下有效或片段模式中）[默認值：800]
  -r NUM[,NUM]: 鏈接/比對帶寬和長連接帶寬 [默認值：500,20000]
  -n INT: 在鏈條上的最小minimizer數(shù)量 [默認值：3]
  -m INT: 最小鏈接分數(shù)（匹配堿基減去對數(shù)缺口懲罰）[默認值：40]
  -X: 跳過自身和雙重比對（用于全對全模式）
  -p FLOAT: 次要比對分數(shù)與主要比對分數(shù)的最小比例 [默認值：0.8]
  -N INT: 最多保留INT個次要比對 [默認值：5]

Alignment:
  -A INT: 匹配得分 [默認值：2]
  -B INT: 不匹配的懲罰 [默認值：4]
  -O INT[,INT]: 缺口開啟懲罰 [默認值：4,24]
  -E INT[,INT]: 缺口擴展懲罰；k個長缺口的成本是min{O1+kE1,O2+kE2} [默認值：2,1]
  -z INT[,INT]: Z-drop得分和反轉(zhuǎn)Z-drop得分 [默認值：400,200]
  -s INT: 最小峰值DP比對得分 [默認值：80]
  -u CHAR: 如何找到GT-AG。f：轉(zhuǎn)錄本鏈，b：兩條鏈，n：不匹配GT-AG [默認值：n]

Input/Output:
  -a: 以SAM格式輸出（默認為PAF）
  -o FILE: 將比對結果輸出到FILE中 [默認值：stdout]
  -L: 在CG標簽中寫入具有>65535個操作的CIGAR
  -R STR: SAM讀組行，格式如'@RG\tID:foo\tSM:bar' []
  -c: 在PAF中輸出CIGAR
  --cs[=STR]: 輸出cs標簽；STR為'short'（如果省略）或'long' [默認值：none]
  --MD: 輸出MD標簽
  --eqx: 寫入=/X CIGAR操作符
  -Y: 對于補充比對，使用軟剪輯
  -t INT: 線程數(shù) [默認值：3]
  -K NUM: 映射的迷你批次大小 [默認值：500M]
  --version: 顯示版本號

Preset:
-x STR: 預設選項（總是在其他選項之前應用；詳見minimap2.1）[]
  -map-pb/map-ont: PacBio CLR/Nanopore vs 參考基因組比對
  -map-hifi: PacBio HiFi reads vs 參考基因組比對
  -ava-pb/ava-ont: PacBio/Nanopore讀取重疊
  -asm5/asm10/asm20: asm-to-ref比對，適用于約0.1/1/5%的序列差異
  -splice/splice:hq: 長讀取/Pacbio-CCS剪接比對
  -sr: 基因組短讀比對

實例(polish 第一步)

#將contig/scaffold序列比對到hifi測序的長序列
minimap2 -ax map-hifi -t 20 groups.asm.fasta .hifi_reads.bam.fasta.gz |samtools view -F 0x4 -b - |samtools sort - -m 2g -@ 20 -o genome.lgs.bam