2020-04-02 Day1

初識(shí)markdown

優(yōu)雅簡(jiǎn)潔的文本記錄體驗(yàn)

之前就有關(guān)注簡(jiǎn)述生信的帖子,進(jìn)去之后,首先給我的印象就是帖子的格式,我自己也會(huì)記一些筆記,模仿分級(jí)記錄、加粗、插入圖片等方式,但只是在word 上去自己生硬的‘造’出類似的格式,很丑。今天進(jìn)入生信星球的學(xué)習(xí)課程,第一次了解到markdown這樣的文本記錄方式,完美契合我想要的記錄筆記的感覺(jué)!謝謝花花!

一些簡(jiǎn)單的練習(xí)

直接進(jìn)入網(wǎng)站鏈接吧,以我最近在學(xué)習(xí)的GEO數(shù)據(jù)分析為例,首先感謝\color{#FF0000}{生信星球的豆豆和花花}。
GEO再學(xué)習(xí)-GSE42872
文中詳細(xì)的介紹了如何去下載GSE數(shù)據(jù)集,以及如何去下載實(shí)驗(yàn)平臺(tái)數(shù)據(jù),同時(shí)告訴我多數(shù)實(shí)驗(yàn)平臺(tái)可以找到對(duì)應(yīng)的R包,但其實(shí)我自也有試過(guò)一些沒(méi)有對(duì)應(yīng)包的實(shí)驗(yàn)平臺(tái),走到一半就不行了。其實(shí)在進(jìn)行探針名基因名匹配時(shí)候,有一下幾點(diǎn)問(wèn)題:

  1. 探針和基因轉(zhuǎn)換后,許多\color{#FF0000}{NA},應(yīng)該如何去掉
  2. 對(duì)于將探針名和基因名匹配后得到的\color{#FF0000}{data.frame} ,有些人需要對(duì)其進(jìn)行排序,這個(gè)地方也是疑問(wèn),為什么需要排序,如何去排序?
  3. 進(jìn)行匹配和,如何將探針名對(duì)應(yīng)到基因表達(dá)矩陣中,這是我最大的困惑
    當(dāng)然除了這個(gè)探針基因名轉(zhuǎn)換外,還有對(duì)于數(shù)據(jù)的\color{#FF0000}{質(zhì)控},這個(gè)也很重要呀。
    就先列舉這兩個(gè)問(wèn)題吧,當(dāng)然還有許多疑問(wèn),但是

飯要一口一口吃,路要一步一步走

希望和豆豆、花花可以學(xué)習(xí)到解決問(wèn)題的辦法。

放一段代碼吧,我的師兄說(shuō)這個(gè)管道符號(hào)用的好,我還一臉懵逼,管道?

  mutate(genename=rownames(DEG)) %>% 
  dplyr::arrange(desc(logFC)) %>% 
  .$genename %>% .[1:50] 

加油學(xué)習(xí)吧???!
配一張圖,作為結(jié)束。


學(xué)習(xí)吧

\color{#FF0000}{自己開(kāi)了個(gè)壞頭,以后按時(shí)交作業(yè)}

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