TCGA+biomarker——Sample基線表

在常規(guī)的臨床類(lèi)文章,或者在TCGA類(lèi)的研究文章中,展示文章收集的樣本信息很常見(jiàn),主要就是讓讀者能直觀清楚的了解此篇文章涉及到哪些樣本,具體樣本的表型信息。

案例展示

  • 例圖1:下圖展示了樣本信息,行主要是樣本的年齡、性別、分期、腫瘤大小等信息,列主要是數(shù)據(jù)集,其下設(shè)置關(guān)系表型屬性(比如是否轉(zhuǎn)移、是否死亡、某關(guān)鍵因子的表達(dá)分類(lèi)等等),這里設(shè)置的"是否轉(zhuǎn)移",整個(gè)表格即展示了整理樣本的情況,也展示了樣本的那邊變量與轉(zhuǎn)移之間的關(guān)系!
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  • 例圖2: 下圖列選擇的就是KIF20A的表達(dá)值分類(lèi)屬性!整個(gè)表格即展示了整理樣本的情況,也展示了樣本的那邊變量與KIF20A表達(dá)之間的關(guān)系!
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  • 例圖3:下圖列主要包括3個(gè)獨(dú)立數(shù)據(jù)集,其下設(shè)置的是風(fēng)險(xiǎn)屬性!
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  • 例圖4:下圖列設(shè)置的是“活著”、“攜瘤死亡”和“無(wú)瘤死亡”這三分類(lèi)屬性!
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這類(lèi)樣本基線表,展示形式大多以上這幾種,可以直接展示樣本信息,不涉及統(tǒng)計(jì)學(xué);也可以針對(duì)某個(gè)關(guān)鍵表型進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)計(jì)算!

如何制作這類(lèi)表格?

這類(lèi)表格只要有詳細(xì)的臨床信息,就可以自行用excel表格整理匯總,就是比較麻煩。后來(lái)查詢各種教程,發(fā)現(xiàn)很多大神將這個(gè)過(guò)程編程化,讓整個(gè)整理過(guò)程變得輕松,后期只需要簡(jiǎn)單修改即可,可參考:臨床數(shù)據(jù)分析三板斧之R語(yǔ)言完成自動(dòng)化三線表(自行檢索)。

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