? ? ? ? 以小編自己最近在做的HBV mapping為例，前期的環(huán)境部署及軟件安裝找時(shí)間再細(xì)說(shuō)，直接進(jìn)入主題，如下：
前期準(zhǔn)備：
Linux以及Windows操作系統(tǒng)，HISAT2、Samtools以及IGV等軟件的安裝，fastq文件
操作步驟：
1. 在NCBI中找到HBV genotypeD的序列并下載sequence.gb以及sequence.fa格式文件。
2. 使用HISAT2構(gòu)建HBV genome的Index，命名為HBVgenotypeD。
extract_exons.py sequence.gb > exons.txt
extract_splice_sites.py sequence.gb > splicesites.txt
hisat2-build --s splicesites.txt --exon exons.txt PATH/sequence.fa HBVgenotypeD
3. 采用HISAT2進(jìn)行mapping獲得sam文件，命名為HBVmaping.sam。
hisat2 -p 8 --dta -x PATH/ HBVgenotypeD -1 HBV_R1.fastq.gz -2 HBV_R2.fastq.gz -S HBVmaping.sam
5. 采用Samtools將sam文件sort為bam文件，命名為HBVmaping.bam。
samtools sort -@ 8 -o HBVmaping.bam HBVmaping.sam
6. 對(duì)bam文件建立index。
samtools index HBVmaping.bam
7. 打開IGV，genome——load genome from file，選擇sequence.fa；File——load from file，選擇HBVmaping.bam。結(jié)果如下：
大功告成！
怎么樣，是不是很簡(jiǎn)單呢？快來(lái)試一試吧！
