Complement(cDNA):mRNA的cDNA，與原來的基因組DNA相同而且無內(nèi)含子；相反地，對(duì)應(yīng)于在原來基因中沒有的而在mRNA存在的3'末端的poly A序列等的核苷序列上，與外顯子序列、先導(dǎo)序列以及后續(xù)序列等一起反映出mRNA結(jié)構(gòu)。

起始密碼子：AUG

終止密碼子：UAG，UAA和UGA

起始：ATG,終止：TGA,TAA,TAG，指的是被轉(zhuǎn)錄的DNA上與遺傳密碼相對(duì)應(yīng)的序列。

終止密碼: UAG,UAA,UGA是終止密碼子。相應(yīng)的DNA上的終止密碼子序列是TAG,TAA,TGA。

只含U的密碼子對(duì)應(yīng)的是RNA上的三聯(lián)密碼子，但是往往不是討論RNA的密碼子，討論的對(duì)象往往是DNA序列，故把U換成T就是DNA的起始、終止密碼子。

開放閱讀框對(duì)于基因的發(fā)現(xiàn)至關(guān)重要，但是目前有關(guān)orf的分子生物學(xué)定義至少有三種。在分子生物學(xué)和生物信息學(xué)領(lǐng)域，orf的最佳定義為：由終止密碼子與終止密碼子所包圍的堿基片段（stop/stop codons） [1]。

ORF是分子生物學(xué)和生物信息學(xué)中的一個(gè)基礎(chǔ)概念。ORFs的檢測(cè)是在基因組序列中發(fā)現(xiàn)特定蛋白質(zhì)編碼基因的重要一步。orf中的o，或者說open，其意思完整基因中用于蛋白質(zhì)翻譯的“開放”區(qū)域；而rf，也即reading frame，是指雙鏈基因序列翻譯至氨基酸時(shí)的6中可能性之一。

ORF的三種定義

定義1：一個(gè)ORF是指一段能夠被3整除的序列，并且包含起始密碼子和1個(gè)終止密碼子（start/stop）。

定義2：一個(gè)ORF是指一段能夠被3整除的序列，以終止密碼子為頭尾（stop/stop）。

定義3：一個(gè)ORF是指一段被受體和供體的剪切位點(diǎn)所分隔的序列。

orf的三種定義

至于為何要選擇定義2作為生信領(lǐng)域的最佳選擇，請(qǐng)移步文末所列的參考文獻(xiàn)[1]，有詳細(xì)的解釋。

orf與基因的關(guān)系

orf是完整基因序列的一部分，一個(gè)完整基因包括orf序列以及非編碼序列。orf可作為一個(gè)潛在蛋白質(zhì)編碼基因的指示器，但是預(yù)測(cè)的orf并不一定是基因。例如，一個(gè)典型的細(xì)菌基因組中已注釋基因的數(shù)目遠(yuǎn)低于ORFs數(shù)目，前者約103至104，而后者可達(dá)到104至105[2]。很好理解，畢竟ORFs的數(shù)目只是統(tǒng)計(jì)的潛在的編碼基因數(shù)目，stop codon與stop codon所包含的區(qū)域并不一定能對(duì)應(yīng)已知基因，因此ORFs相較于已知注釋基因會(huì)更多。

參考文獻(xiàn)

[1] Sieber, P., Platzer, M., Schuster, S. 2018. The Definition of Open Reading Frame Revisited. Trends in Genetics, 34(3), 167-170.

[2] Mir, K., Neuhaus, K., Scherer, S., Bossert, M., Schober, S. 2012. Predicting Statistical Properties of Open Reading Frames in Bacterial Genomes. Plos One, 7(9)

作者：杜嘟嘟9527

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來源：簡(jiǎn)書

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