易混淆名詞
gene：基因
genome：基因組
genomic：基因組的；染色體組的
genomics：基因組學(xué)
gentic：遺傳的；基因的；起源的
genotype：基因型
genotyping：基因分型
人類基因組計(jì)劃(human genome project, HGP) 四圖譜
- genetic map：遺傳圖譜/連鎖圖譜
- physical map：物理圖譜
- sequence map：序列圖譜
- gene map：基因圖譜
三大組學(xué)
基因組學(xué)
genomics：基因組學(xué)
structural genomics：結(jié)構(gòu)基因組學(xué)
functional genomics：功能基因組學(xué)
轉(zhuǎn)錄組學(xué)
transcriptomics：轉(zhuǎn)錄組學(xué)
蛋白質(zhì)組學(xué)
proteomics：蛋白質(zhì)組學(xué)
重要數(shù)據(jù)庫
三大數(shù)據(jù)庫
NCBI：美國國家生物技術(shù)信息中心
?。∟ational Center for Biote4chnology Information）
EBI： 歐洲生物信息研究所
（European Bioinformatics Institute）
UCSC
序列比對
Sequence Alignment：序列比對
Alignment Algorithm：比對算法
dynamic programming：動態(tài)規(guī)劃法 ==> Smith Waterman算法(1981)的由來
數(shù)據(jù)庫搜索：
BLAST：Basic Local Alignment Search Tool
BLAT：The BLAST-Like Alignment Tool
global alignment：全局比對
local alignment ：局部比對
序列特征分析(Sequence Character Analysis)
exon：外顯子
intron：內(nèi)含子
ORF：開放閱讀框（open reading Frame）
HMM：隱馬爾可夫模型（Hidden Markov Models）
CM：共變模型
SCFG：隨機(jī)上下文無關(guān)文法模型
base ratio ：堿基比例
GC content :GC 含量
repeated sequence：重復(fù)序列
基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析（Gene Expression Data Analysis ）
基因芯片（microarray）
cDNA microarray：cDNA芯片
Affemetrix microarray：Affemetrix芯片
oligonucleotide microaraay：寡核苷酸芯片
聚類分析與分類分析（）
待整理
基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析
待整理
其他待整理歸類名詞
Postgenomics：后基因組學(xué)
comparative genomics：比較基因組學(xué)
Meta-genomics：宏基因組學(xué)
proteomics：蛋白質(zhì)組學(xué)
Central dogma of molecular biology：中心法則
gene set enrichment analysis：基因富集分析
Epigenetics：表觀遺傳學(xué)
DNA methylation：DNA甲基化
genomic imprinting：基因組印記
maternal effects：母體效應(yīng)
gene silencing：基因沉默
nucleolar dominance：核仁顯性
休眠轉(zhuǎn)座子激活
RNA editing：RNA編輯
genomic-wide association study:基因組范圍關(guān)聯(lián)分析（GWAS）
single nucleotide polymorphysm:單核苷酸多態(tài)性(SNP)
insertion-deletion:插入缺失(INDEL)
Structure Variation:染色體結(jié)構(gòu)變異(SV)
copy number variation:基因組拷貝數(shù)變異(SNV)
Segment duplication:串聯(lián)重復(fù)(SD)
genotype and phenotype:基因型與表型
geneexpression profile：基因表達(dá)譜
microarray：基因芯片
reads: Gap:由于基因組中的高GC、重復(fù)序列等復(fù)雜結(jié)構(gòu)的存在，測序最終拼接組裝獲得的序列往往無法覆蓋有所的區(qū)域，這部分沒有獲得的區(qū)域就稱為Gap
soft-clipped reads：
overlap：
k-mer: contig:reads拼接獲得Contigs
scffold:
RPKM
FPKM
gene fusion:融合基因
：嵌合體基因
depth 測序深度
coverage 測序覆蓋度
物理覆蓋度
候選位點(diǎn)
去用于序列
同義突變
非同義突變
顛換
轉(zhuǎn)換
去PCR重讀
微陣列芯片技術(shù)：
基因芯片的技術(shù)
Sanger :
de novo：
Genome Re-sequencing：全基因組重測序
whole exon sequencing：全外顯子測序
RNA-Seq:
ChromatinImmunoprecipitation，ChIP:染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù):結(jié)合位點(diǎn)分析法:Chip-seq
RIP-Chip
c突變：
germ linae突變：
基因上調(diào)和基因下調(diào)
GEO數(shù)據(jù)庫的基因芯片平臺(GPL)
持續(xù)整理中。。。
參考：
生物信息學(xué)
持續(xù)整理中。。。
