今天給大家分享一篇與lncRNA–miRNA–mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)預(yù)測(cè)相關(guān)、發(fā)表在Journal of Cancer Research and Clinical Oncology上的一篇文章，文章發(fā)表于2019年11月。

預(yù)測(cè)肝硬化患者肝癌發(fā)生的候選lncRNA-miRNA-mRNA網(wǎng)絡(luò):綜合生物信息學(xué)分析

摘要

目的：本研究通過生物信息學(xué)分析，探索潛在的競(jìng)爭(zhēng)性內(nèi)源性RNA (ceRNA)網(wǎng)絡(luò)在肝硬化患者HCC發(fā)展中的作用。

方法：利用GEO和TCGA數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)挖掘，挖掘mRNA、lncRNA和miRNA差異表達(dá)譜。在匹配的HCC隊(duì)列中，RT-PCR證實(shí)了他們的表達(dá)(n = 6/組)。通過共表達(dá)分析構(gòu)建ceRNA網(wǎng)絡(luò)。它們的相互調(diào)控及其在上皮-間充質(zhì)轉(zhuǎn)化(EMT)過程中的作用已在細(xì)胞水平上通過功能獲得和功能喪失實(shí)驗(yàn)得到驗(yàn)證。應(yīng)用Kaplan-Meier法顯示預(yù)后價(jià)值。

結(jié)果：通過對(duì)GEO和TCGA數(shù)據(jù)集中的差異表達(dá)基因(DEGs)進(jìn)行交叉分析和Pearson相關(guān)性分析，鑒定出20個(gè)mRNA、24個(gè)miRNAs和41個(gè)lncRNAs。其中，F(xiàn)OXD2-AS1、BLVRA和CYTH2在HCC組織和具有高轉(zhuǎn)移潛能的HCC細(xì)胞(MHCC97H)中顯著上調(diào)，而與其相鄰的正常/肝硬化組織和L02和MHCC97L細(xì)胞相比。然而，失調(diào)的miR-139-5p則表現(xiàn)出相反的表達(dá)模式。利用miRanda算法，F(xiàn)OXD2-AS1、BLVRA和CYTH2顯示出miR-139-5p的潛在結(jié)合位點(diǎn)。FOXD2-AS1基因敲低誘導(dǎo)miR-139-5p和EMT抑制顯著增加。miR-139-5p的缺失導(dǎo)致BLVRA和CYTH2表達(dá)的增加和EMT過程。相反，miR-139-5p過表達(dá)抑制了BLVRA和CYTH的表達(dá)和EMT過程。FOXD2-AS1、miR-139-5p、BLVRA和CYTH2與HCC患者的預(yù)后高度相關(guān)。

結(jié)論：FOXD2-AS1/miR-139-5p/BLVRA或CYTH2軸可能是肝硬化肝細(xì)胞癌發(fā)生的分子機(jī)制。

結(jié)果一：在GEO數(shù)據(jù)庫中的DEGs

結(jié)果二：GEO數(shù)據(jù)庫中所有DEGs的Mfuzz聚類和PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建分析

結(jié)果三：在TCGA數(shù)據(jù)庫中建立基因序列，并獲取關(guān)鍵基因序列

結(jié)果四：lncRNA-miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建

結(jié)果五：FOXD2-AS1/miR-139-5p/BLVRA或CYTH2網(wǎng)絡(luò)參與肝硬化HCC的發(fā)展

文章還有部分補(bǔ)充數(shù)據(jù)，對(duì)于lncRNA–miRNA–mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的預(yù)測(cè)方法大致總結(jié)為：

1.DEGs、DEMs和DELs的鑒定（DEGs：差異表達(dá)的基因，DELs：差異表達(dá)的長(zhǎng)非編碼RNA，DEMs：差異表達(dá)的microRNAs，lncRNA：長(zhǎng)非編碼RNA，miRNA：microRNA，mRNA：messager RNA）→以火山圖或熱圖呈現(xiàn)。

2. 功能富集分析：了解相關(guān)的DEGs的功能。

3. PPI（protein-protein interaction）網(wǎng)絡(luò)的建立及樞紐基因的鑒定。

4. lncRNA-miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建：結(jié)合KEGG和軟件分析的結(jié)果，建立相應(yīng)的lncRNA-miRNA-mRNA相互作用網(wǎng)絡(luò)。

想研究lncRNA–miRNA–mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)預(yù)測(cè)的小伙伴們可以用此套路。

本研究在多個(gè)基因組平臺(tái)上進(jìn)行了全面的數(shù)據(jù)挖掘，證明了FOXD2-AS1/miR-139-5p/BLVRA或CYTH2可促進(jìn)肝硬化肝癌的形成。靶向FOXD2-AS1/miR-139-5p/BLVRA或CYTH2可能是對(duì)抗肝硬化向肝硬化HCC轉(zhuǎn)變的新治療策略。