使用命令pwd檢查當(dāng)前目錄的位置如果當(dāng)前目錄不是Course_Materials，那么使用cd(更改目錄)命令導(dǎo)航到Course_Materials目錄:

# pwd

# cd~/Course_Materials/RNAseq

使用ls列出目錄的內(nèi)容。應(yīng)該有一個(gè)名為fastq的目錄

使用ls列出fastq目錄的內(nèi)容:

# ls fastq

SRR7657883.sra_1.fastq.gz SRR7657883.sra_2.fastq.gz

您應(yīng)該看到兩個(gè) fastq 文件。這些是我們將使用的樣本之一的讀取 1 和讀取 2 的文件

使用mkdir命令為QC結(jié)果創(chuàng)建一個(gè)新的目錄QC:

#?mkdir QC

在其中一個(gè)fastq文件上運(yùn)行fastqc:

fastqc fastq/SRR7657883.sra_1.fastq.gz

前面的命令將報(bào)告寫入到fastq目錄—fastqc的默認(rèn)行為。我們希望它在QC目錄中。

使用rm (remove)命令刪除

還要?jiǎng)h除相關(guān)的zip文件

# rm SRR7657883.sra_1_fastqc.html

# rm -f fastq/SRR7657883.sra_1_fastqc.zip

再次運(yùn)行FastQC，但這一次:讓FastQC同時(shí)分析兩個(gè)fastq文件。您需要在序列文件名之前添加-t 2。參見(jiàn)fastqc——help來(lái)了解這個(gè)選項(xiàng)。

嘗試使用-o選項(xiàng)將報(bào)告寫入QC目錄。

# fastqc -t 2 -o QC fastq/SRR7657883.sra_1.fastq.gz fastq/SRR7657883.sra_2.fastq.gz

或者更簡(jiǎn)單地，我們可以使用*通配符:

#? fastqc -t 2 -o QC fastq/SRR7657883.sra_*.fastq.gz

在瀏覽器中打開(kāi)html報(bào)告，或運(yùn)行下面代碼查看

# firefox *_fastqc.html

看看是否可以回答以下問(wèn)題:

A)讀長(zhǎng)是多少?

B)質(zhì)量評(píng)分是否隨著閱讀長(zhǎng)度的變化而變化?

C)數(shù)據(jù)的質(zhì)量如何?

總的來(lái)說(shuō),很不錯(cuò)。