藥物靶點相關數(shù)據(jù)庫

本文會不定期更新藥物靶點相關的數(shù)據(jù)庫,先放上數(shù)據(jù)庫名稱合集及部分數(shù)據(jù)庫簡介,空閑時間再把其他數(shù)據(jù)庫簡介補齊。

1. GDSC數(shù)據(jù)庫:

引用:
抗癌藥物敏感性數(shù)據(jù)庫GDSC:https://www.bilibili.com/read/cv6018538/
這篇文章較有詳細的GDSC的使用步驟。

GDSC可以用于:
  1. 藥物敏感性基因特征分析;
  2. 細胞系藥物敏感性數(shù)據(jù);
  3. 細胞系的基因組突變與CNV變異數(shù)據(jù),表達譜數(shù)據(jù)及甲基化數(shù)據(jù);

2. CancerDR 數(shù)據(jù)庫:

主要用途:
① 可以找出屬于特定組織類型的細胞系和每種藥物的藥物敏感性;
② 開發(fā)者預測了所有涉及靶點的三級結(jié)構(gòu)及其突變體。
其訪問鏈接:http://crdd.osdd.net/raghava/cancerdr/

CancerDR數(shù)據(jù)庫作者的論文:《CancerDR: Cancer Drug Resistance Database》 (2013-03-13)
開發(fā)者是基于CCLE,COSMIC,PubChem和Therapeutic Target數(shù)據(jù)庫進行整合分析的。

開發(fā)者共收集了952個細胞系進行了148種抗癌藥物的藥理學分析(36種FDA批準藥物,48種臨床試驗藥物和64種實驗藥物)。其中,130種藥物已用于靶向治療,18種是細胞毒性藥物(截止2013年)。


抗腫瘤藥物的靶向點分布
用于藥理分析的癌細胞系所屬組織占比
建庫示意圖

引用:
【收藏】生物數(shù)據(jù)庫大合集: https://zhuanlan.zhihu.com/p/174385626

藥物數(shù)據(jù)庫

DGIdb:藥物-基因
Pubchem:化合物/信息/結(jié)構(gòu)
CTD:信息/化合物/互作
NRDTD:藥物-ncRNA
ETCM:中藥/靶分子/功能/疾病
BATMAN-TCM:中藥/靶分子/功能/疾病
TCMSP:中藥成分/靶分子/疾病
TCMID:中藥信息
SymMap : 整合型
VigiBase :藥物不良數(shù)據(jù)庫

引用:
藥物靶點搜索數(shù)據(jù)庫:https://zhuanlan.zhihu.com/p/140787824

常用藥物靶點搜索查詢的數(shù)據(jù)庫:

  1. DrugBank
  2. PubChem
  3. Therapeutic Target Database
  4. ChEMBL

https://zhuanlan.zhihu.com/p/79261827?from_voters_page=true

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