ChIP-seq一小步,心肌肥厚lncRNA一大步

參考文獻:Targetingmuscle-enriched long non-coding RNA H19 reverses pathological cardiachypertrophy

影響因子:22.673

發(fā)表期刊:European Heart Journal

發(fā)表時間:2020年7月13日(預(yù)印版)

關(guān)鍵技術(shù):H3K27me3 ChIP-seq、ChIP-qPCR、RNA-seq、RIP-seq


研究背景(冗長版本,可直奔結(jié)果)

由慢性高血壓,遺傳易感性或主動脈瓣狹窄引起的病理性肥厚導(dǎo)致適應(yīng)性重塑不良,并常常伴隨著心室功能障礙,繼而導(dǎo)致心力衰竭和死亡。有報道,一些長鏈非編碼RNA(lncRNA)在心臟肥厚中起關(guān)鍵作用。

從高度保守的父源印跡基因位點轉(zhuǎn)錄的lncRNA H19已被證明在小鼠胚胎和出生早期生長調(diào)控中發(fā)揮重要作用。然而,尚不清楚H19是否具有心臟保護作用或是否促進心臟疾病。

由于H19的表達在主動脈弓縮窄(TAC)誘發(fā)壓力超負(fù)荷引起的左室心力衰竭后達到峰值,但在肥厚性心臟重構(gòu)的失代償期被強烈抑制,因此作者推測H19可能具有心肌特異性保護功能,可以用作治療靶標(biāo)。


研究結(jié)果

一、缺乏H19會增加體內(nèi)心肌肥厚

作者首先在成年小鼠的各種不同組織中證明,H19是肌肉特異性的。

接下來,使用H19敲除小鼠(KO)研究H19是否在功能上參與了心肌肥厚的發(fā)展,TAC處理小鼠并監(jiān)測6周。
與野生型小鼠相比,TAC后H19-KO小鼠的心臟重量顯著增加,伴有心臟尺寸增加的趨勢,此外還伴隨著心肌細(xì)胞大小增加和Mcip1.4表達增加。

為了研究H19作用下的心肌細(xì)胞特異性分子變化,作者對TAC處理后6周來自野生型和H19 KO心臟的純化心肌細(xì)胞進行了mRNA表達譜分析。
通過GSEA分析發(fā)現(xiàn),H19 KO心肌細(xì)胞共富集347個基因集。其中發(fā)現(xiàn)了一些與心臟病和肥厚相關(guān)的通路,如NFATc3和轉(zhuǎn)化生長因子(TGF)信號通路等(圖1)。相比之下,野生型心臟中只有四組基因富集,它們都與炎癥反應(yīng)通路相關(guān)。

圖1 TAC后6周,來自H19 KO和WT(n = 3)心肌細(xì)胞GSEA分析
二、H19與PRC2協(xié)同控制NFAT信號

H19之前被證明與癌細(xì)胞中的增強子Zeste 2(EZH2)相互作用,這是組蛋白甲基轉(zhuǎn)移酶多梳抑制復(fù)合物2(PRC2)的一個成分,主要對組蛋白H3(H3K27me3)上的27個賴氨酸殘基進行三甲基化。
通過數(shù)據(jù)分析表明,H19中心區(qū)域和EZH2之間具有很高的相互作用傾向,并且使用RIP-seq證實了這種相互作用。利用siRNA敲低H19可以消除富集作用,表明H19與EZH2的相互作用具有特異性。為了進一步了解H19對PRC2的調(diào)控作用,作者對H19沉默(siRNA)或過度表達(慢病毒)后在HL-1細(xì)胞中進行了H3K27me3 ChIP-Seq實驗。

H19的抑制導(dǎo)致H3K27me3的整體增加,這是siRNA條件下特有的。相反,H19過表達后的H3K27me3水平與對照組相當(dāng),這表明高水平的H19對PRC2沒有超劑量作用(圖2A–C)。在差異最大的基因座中,發(fā)現(xiàn)了抗肥厚性NFAT調(diào)控子Tescalcin (Tesc)基因座在H19 siRNA處理后高度甲基化(圖2D)。ChIP-qPCR實驗證實了這一點(圖2E)。

過表達H19對Tesc H3K27me3或mRNA表達沒有影響(圖2F)。已知Tescalcin可通過抑制鈣調(diào)神經(jīng)磷酸酶和使GSK3保持其活性形式來磷酸化NFAT來進行核排斥,從而作用于NFAT通路。
因此,作者測試了Nfatc3的表達和活性,通過WB和ChIP-qPCR發(fā)現(xiàn)敲低H19后Nfatc3蛋白水平升高,Nppb和Mcip1.4靶啟動子上的Nfatc3活性升高(圖2G,H)??傊?,這表明H19通過防止PRC2介導(dǎo)的Tesc基因座表觀遺傳抑制而起NFAT信號轉(zhuǎn)導(dǎo)的關(guān)鍵抑制作用。

圖2 H19表達的調(diào)節(jié)改變HL-1細(xì)胞中的H3K27me3模式
三、H19在體外體內(nèi)都具有抗肥厚作用

此外,作者還通過體外和體內(nèi)實驗證明,H19的過表達可以改善肥厚性反應(yīng),有助于防止體內(nèi)肥厚,并且當(dāng)心臟肥厚已經(jīng)建立時,H19療法也有效。

研究亮點

該文的數(shù)據(jù)突出顯示了H19是一種抗肥厚性lncRNA,為進一步治療病理性心肌肥厚的H19療法的臨床前和臨床開發(fā)鋪平了道路。

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