GSEA和Cytoscape的安裝都需要java環(huán)境，所以首先要搭建好java環(huán)境。在搭建java環(huán)境之前新建一個虛擬環(huán)境，將java環(huán)境與外部環(huán)境隔絕起來。我使用的是conda建立的虛擬環(huán)境：conda create -n ja_va

我的系統(tǒng)是ubuntu,ubuntu終端命令行安裝：

1. sudo dpkg -l | grep openjdk?? 可以看到好幾個可供安裝的java（如圖一）.

圖1

2. 我之前安裝了openjdk-8-jre-headless，但這個環(huán)境不能安裝GSEA和Cytoscape。所以要將其刪除。命令： sudo apt-get remove openjdk-8-jre-headless（如圖2）

圖2

3. 安裝non-headless 的java.命令：sudo apt-get install openjdk-8-jre（圖3）

圖3

4. 安裝結(jié)束之后java -version查看java的版本，如果出現(xiàn)如下圖就表示安裝成功。

圖4

5.java環(huán)境構(gòu)建好之后就可以安裝GSEA和Cytoscape了。首先下載安裝包：GSEA：GSEA | Login

我下載的是第二個，即gsea-3.0.jar

圖5

6.安裝GSEA: java -jar gsea-3.0.jar 。 gsea-3.0.jar就是下載后GSEA安裝包的名字。

圖6

命令運行之后就會打開GSEA（如圖7）

圖7

7. 這就算是安裝好了，那么接下來是安裝Cytoscape。安裝包下載：Cytoscape: An Open Source Platform for Complex Network Analysis and Visualization

下載完成后你可以看到你的保存路徑中有.sh文件。在終端執(zhí)行命令：sh Cytoscape_3_7_1_unix.sh

圖8

命令運行結(jié)束之后可以看到.sh文件變成了一個文件夾。打開文件夾如下圖：

圖9

上圖中有一個圖標(biāo)的那文件在首次打開這個文件夾的時候它跟后面幾個文件是一樣的，也就是說是一個文件樣的，單擊之后就會加載這個軟件，就變成了上圖中第5個圖標(biāo)的樣子。再次想要啟動這個軟件，就到該文件夾來單擊第5個圖標(biāo)就好了。

圖10

安裝工作到此結(jié)束。

參考：1.? gnome - Assistive technology not found AWTError - Ask Ubuntu