matlab,python讀取nii格式的醫(yī)學(xué)影像CT數(shù)據(jù)

最近想用LiTS- Liver Tumor Segmentation Challenge的數(shù)據(jù)集做些事情,下載數(shù)據(jù)后發(fā)現(xiàn)是nii格式的,使用imageJ可以直接讀取并且顯示還可以進(jìn)行3D渲染,但是要做處理的話還是需要用matlab或者python進(jìn)行讀取。

matlab讀取方法:

使用Tools for NIfTI and ANALYZE image工具包,下載地址如下:
https://cn.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/8797-tools-for-nifti-and-analyze-image?s_tid=srchtitle
將工具包解壓到MATLAB的路徑下,解壓后的文件名字為NIfTI_20140122,其實(shí)可以是任意路徑,使用如下語句即可讀取:

addpath('D:\MATLAB\NIfTI_20140122')
info  = load_nii ('test-volume-68.nii');
image = info.img;

python讀取方法:

使用PyNIfTI包,官網(wǎng)地址如下:http://niftilib.sourceforge.net/pynifti/examples.html#loading-and-saving-nifti-files
使用命令即可安裝:
apt-get install python-nifti

使用代碼即可讀取:

from nifti import*
nim=NiftiImage('example4d.nii')
print nim.filename
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