單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析--修改cellranger適合大size基因組

1. 建立genome的索引

Note: /gpfs02/home/jingjing/software/cellranger-4.0.0/lib/python/cellranger/reference.py? 修改參數(shù)來適應(yīng)大基因組


/gpfs02/home/jingjing/software/cellranger-4.0.0/bin/cellranger mkref --genome refdata --nthreads 30 --fasta N.tab.all.fa --genes N.tab.all.gtf

2. 運(yùn)行cellranger count

/gpfs02/home/jingjing/software/cellranger-4.0.0/bin/cellranger count --id run_count_1kpbmcs --fastqs pbmc_1k_v3_fastqs/ --sample pbmc_1k_v3 --transcriptome refdata-cellranger-GRCh38-3.0.0/

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