linux環(huán)境下的軟件安裝

今天的學(xué)習(xí)內(nèi)容是：

linux如何安裝軟件？

 --第一步，簡單了解conda--“l(fā)inux的應(yīng)用商店”

 --第二步，給你的服務(wù)器下載conda-我們用它的精華版--miniconda就可以。

 --第三步，安裝和配置miniconda

 --第四步（重點），使用miniconda，也就是查看已安裝的軟件、搜索、安 
  裝、卸載（生信需要的）軟件，我們以fastqc為例，其實安裝軟件很復(fù)雜， 
 甚至有專門的一門課來講這個，今天這里僅是入門操作。

 --第五步（選修），不同的生信實戰(zhàn)項目，需要定制conda的分身。

#查看服務(wù)器是多少位的：輸入命令
uname -a
#進入目錄
cd ~/biosoft
#下載
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh
#安裝（latest改為版本名）（過程中需要按照提示點擊enter或輸入yes）
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
#激活
source ~/.bashrc

準(zhǔn)備工作完成！

#查看服務(wù)器上所有軟件列表
conda list
#搜索conda軟件（這里以數(shù)據(jù)質(zhì)控軟件fastqc為例）
conda search fastqc
#安裝軟件 
conda install fastqc -y
#卸載軟件 
conda remove fastqc -y

軟件安裝完成！

什么是“conda環(huán)境”？

生信實戰(zhàn)中，需要分析轉(zhuǎn)錄組、基因組組裝、重測序等多個項目。
每一個項目都需要不同的軟件，另外軟件之間的結(jié)合也是需要版本要求的，比如A項目你需要用a軟件V 1.0版本，但是處理B項目又需要用到a軟件的V 1.5版本，怎么辦？
--別想了，辦法就是分身??！按照你的項目，定制不同的分身，安裝不同的軟件，互不干擾。這個分身就是不同的“conda environment”。

#先查看當(dāng)前conda有哪些環(huán)境(前面帶*的就是默認(rèn)的)
conda info --envs 
#以轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)處理為例：先建立一個名叫rnaseq的conda環(huán)境，然后指定python版本是3，安裝軟件fastqc、trimmomatic（這兩個可以一步完成）(這里指定python版本是因為有的軟件是基于python開發(fā)的）
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
#檢查此時的conda環(huán)境
conda info --envs
#激活新的conda環(huán)境
conda activate rna-seq
#退出當(dāng)前環(huán)境
conda deactivate