蛋白組：大批量的對樣本中的蛋白質(zhì)進行定量分析。

一、原理：

1. 目標蛋白樣本：

1.1. 蛋白水解

將蛋白樣本用蛋白酶進行水解，生成肽段混合物。

1.2. 離子破碎

肽段混合物經(jīng)過電離、分離以及能量碰撞生成碎片離子。

1.3. 離子稱重

對碎片離子進行稱重（精確程度可以達到相對分子質(zhì)量后三位：100.000）

2. 蛋白數(shù)據(jù)庫：

對已知的蛋白樣本進行質(zhì)譜分析，建立目標圖譜。

3. 將蛋白數(shù)據(jù)庫圖譜和目標蛋白樣本圖譜進行比對。

這里的核心是可靠肽鑒定和歸并評價：
這些可靠肽是目標蛋白質(zhì)的特異性肽段，再通過歸并分析將特異性肽段和蛋白質(zhì)進行一一對應(yīng)。

蛋白組樣本處理流程

蛋白組分析流程

二、分類：

依照不同的分類方法（有標或無標，數(shù)據(jù)依賴或數(shù)據(jù)不依賴）
蛋白組學(xué)有不同的分類，但是最常見的有：
label free（3D、4D）
TMT/iTRAQ
DIA
SILAC
PRM

蛋白組測定方法

根據(jù)數(shù)據(jù)采集方式：（DDA和DIA）

DDA：只采集一級質(zhì)譜中母離子豐度最高的進行二級質(zhì)譜分析，因此其缺點是重復(fù)性和覆蓋率較低。

DDA依賴一級質(zhì)譜圖進行二級質(zhì)譜分析

DIA技術(shù)能全譜掃描

DIA和DDA的比較

主流蛋白組技術(shù)對比

PRM---蛋白組學(xué)定量驗證

PRM vs WB/ELISA驗證方法比較

三、分析流程：

1. 參考基因數(shù)據(jù)庫的選擇：

主流：Uniprot/NCBI/自測數(shù)據(jù)庫
以羊為例：
NCBI：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/016/772/045/GCF_016772045.1_ARS-UI_Ramb_v2.0/GCF_016772045.1_ARS-UI_Ramb_v2.0_protein.faa.gz
Uniprot：
https://www.uniprot.org/uniprot/?query=sheep&format=fasta&force=true&sort=score&fil=reviewed:yes%20AND%20organism:%22Ovis%20aries%20(Sheep)%20[9940]%22&compress=yes
自測數(shù)據(jù)庫
這是將基因組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白組學(xué)結(jié)合起來分析的一個重要的手段，即通過基因組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)的測序數(shù)據(jù)建立一個蛋白組學(xué)的參考序列庫。

2. 分析軟件的選擇：（Maxquant軟件是少數(shù)免費高效的蛋白組分析軟件）

這或許是市面上唯一免費的質(zhì)譜分析軟件了

3. Maxquant在windows和在linux系統(tǒng)中的安裝

windows：https://www.maxquant.org/
點擊download填寫信息，直接下載，解壓下載包后，直接運行.exe文件即可使用
linux：https://www.maxquant.org/
安裝包和windows是同一個安裝包，只不過需要linux系統(tǒng)運行Maxquant的
環(huán)境

3.1. 下載mono的源代碼包

https://download.mono-project.com/sources/mono/ 下載最新版本
（其包括Framework 5.4.1，Maxquant運行所必須的環(huán)境）

3.2. 利用源代碼安裝mono：

#解壓mono的源代碼壓縮包
tar -xf mono-6.13.0.1230.tar.xz
#進入解壓文件目錄
cd mono-6.13.0.1230
#安裝安裝mono需要的編譯器
./autogen.sh
make get-monolite-latest
make
#安裝momo
make check
make install
#測試是否安裝成功
mono --version
#運行Maxquant，其中mqpar.xml文件包含了這個軟件運行的所有參數(shù)
mono MaxQuant/bin/MaxQuantCmd.exe mqpar.xml
#查詢?nèi)蝿?wù)的狀態(tài)
cat combined/proc/#runningTimes.txt

4. Maxquant的分析流程

The MaxQuant computational platform for mass spectrometry–based shotgun proteomics

5. 具體參數(shù)的設(shè)置：

最簡化參數(shù)

以Label free和TMT為例：
設(shè)置軟件所有的運行參數(shù)的文件：
（Ps：記得修改文件里面文件和參考蛋白序列的路徑）

5.1. Label free

「mqpar_for_label_free.xml」https://www.aliyundrive.com/s/pGhdT53oChU 提取碼: y56b

5.2. TMT

「mqpar_for_TMT.xml」https://www.aliyundrive.com/s/U8oDgk7ben3 提取碼: 17rk

參考文章：

1. https://www.bilibili.com/video/BV1Vp4y1v7NY?spm_id_from=333.999.0.0（視頻）
2. https://www.bilibili.com/video/BV1va4y1x7QU?spm_id_from=333.999.0.0（視頻）
3. www.maxquant.org.（官網(wǎng)）
4. https://www.bilibili.com/video/BV1ZM4y1G7BH?spm_id_from=333.1007.top_right_bar_window_custom_collection.content.click（maxquant工作原理）
5. http://www.itdecent.cn/p/ff30a3591709（linux安裝Maxquant）
6. https://atchen.me/research/2019/03/21/mq-linux.html（linux安裝Maxquant）
7. https://github.com/blahoink/maxquant_linux_guide（linux安裝Maxquant）
8. https://hub.xn--p8jhe.tw/mono/mono（mono編譯安裝）