一、主題：批量下載所有illunima官方試劑盒的測(cè)序標(biāo)簽index序列
步驟：
二、登錄illunima官網(wǎng)，下載Illumina Experiment Manager軟件
軟件介紹網(wǎng)址：https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/experiment_manager.html
下載軟件：可以運(yùn)行與win7，win10上。
Latest Updates：
Illumina Experiment Manager v1.14 10/02/2017
Illumina Experiment Manager Software Guide 09/30/2017
該軟件最后更新時(shí)間為，2017年10月09號(hào)
該軟件操作說明說最后更新時(shí)間為，2017年09月30
軟件功能介紹：
Illumina Experiment Manager是用于測(cè)序上機(jī)時(shí)，實(shí)驗(yàn)員設(shè)置樣品拆分的samplesheet表格，并設(shè)置測(cè)序時(shí)分析的插件，分析參數(shù)。
設(shè)置完成后，將將samplesheet表格拷貝illunima測(cè)序儀器的對(duì)應(yīng)存放文件夾。
建庫試劑盒的測(cè)序標(biāo)簽index是用于區(qū)分各文庫，在同一條lane上，不同文庫的兩端index確保不同。在測(cè)序接頭上的8-12bp的標(biāo)簽，illunima官方的規(guī)格一般為8bp，單端i5 * i7 = 8 * 12 =96 個(gè)組合。且不同試劑盒的index標(biāo)簽不相同。
如果一個(gè)run的文庫數(shù)量比較少，默認(rèn)按建庫試劑盒上推薦的組合上機(jī)，確保在同一個(gè)測(cè)序位置的ATCG各堿基比例平衡，否則報(bào)錯(cuò)。
如果一個(gè)run的文庫數(shù)量比較多，可以按照標(biāo)簽的順序，先用i7再用i5的排序組合，進(jìn)行使用。
由于標(biāo)簽只存在建庫試劑盒的操作說明書上，pdf復(fù)制時(shí)容易格式錯(cuò)誤。而填寫Illumina Experiment Manager只能導(dǎo)出samplesheet選擇的index標(biāo)簽，不能批量導(dǎo)出試劑盒的所有標(biāo)簽。
導(dǎo)致
1，標(biāo)簽的管理、填寫、檢查十分不方便。
2，無法檢測(cè)外來文庫是否與現(xiàn)有文庫標(biāo)簽重復(fù)（客戶送文庫前，請(qǐng)?jiān)谒蜆訂紊希峁┰撐膸斓臉?biāo)簽信息，接頭信息，試劑盒信息）
批量導(dǎo)出illunima標(biāo)簽的方法
setp01：將Illumina Experiment Manager.exe右鍵解壓成文件夾（不需要安裝）
setp02：進(jìn)入Illumina Experiment Manager\SamplePrepKits目錄，列出了當(dāng)前在市場(chǎng)的所有的Illunima標(biāo)簽試劑盒
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|-- Nextera\ Mate\ Pair.txt
|-- Nextera\ Rapid\ Capture\ Enrichment.txt
|-- Nextera.txt
|-- Nextera\ XT.txt
|-- Nextera\ XT\ v2\ Set\ A.txt
|-- Nextera\ XT\ v2\ Set\ B.txt
|-- Nextera\ XT\ v2\ Set\ C.txt
|-- Nextera\ XT\ v2\ Set\ D.txt
|-- Nextera\ XT\ v2.txt
|-- Small\ RNA.txt
|-- SureCell\ WTA\ 3\ Prime.txt
|-- Targeted\ RNA\ Expression.txt
|-- TruSeq\ Amplicon.txt
|-- TruSeq\ Bovine.txt
|-- TruSeqDna.txt
|-- TruSeq\ Exome\ 8x3.txt
|-- TruSeq\ Exome\ 8x6.txt
|-- TruSeq\ Exome\ 8x9.txt
|-- TruSeq\ Exome\ Kit\ 8x12.txt
|-- TruSeq\ HT.txt
|-- TruSeq\ LT.txt
|-- TruSeq\ Methyl\ Capture\ EPIC.txt
|-- TruSeq\ Rapid\ Exome.txt
|-- TruSeqStrandedMrna.txt
|-- TruSeq\ Synthetic\ Long-Read\ DNA.txt
|-- TruSight\ Enrichment.txt
|-- TruSight\ Tumor\ -\ 15\ Genes.txt
`-- TruSight\ Tumor.txt
step03：根據(jù)使用的試劑盒名稱找到對(duì)應(yīng)的文件，并使用前，確保是否與該試劑盒建庫說明書上的標(biāo)簽序列是否一致。
如TruSight Tumor.txt試劑盒
[I7]
A701 ATCACGAC
A702 ACAGTGGT
A703 CAGATCCA
A704 ACAAACGG
A705 ACCCAGCA
A706 AACCCCTC
A707 CCCAACCT
A708 CACCACAC
A709 GAAACCCA
A710 TGTGACCA
A711 AGGGTCAA
A712 AGGAGTGG
[I5]
A501 TGAACCTT
A502 TGCTAAGT
A503 TGTTCTCT
A504 TAAGACAC
A505 CTAATCGA
A506 CTAGAACA
A507 TAAGTTCC
A508 TAGACCTA
step04:將序列放在excel表格中進(jìn)行編輯使用
