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HGVS指定了一套完整的變異位點(diǎn)命名規(guī)則，統(tǒng)一的命名方便了學(xué)術(shù)溝通與交流。官網(wǎng)鏈接如下：

https://www.hgvs.org/

對(duì)于所有的變異位點(diǎn)，劃分成了3個(gè)層次

1. DNA ?level

2. RNA ?level

3. Proteion level

   
   

一個(gè)好的命名，至少要體現(xiàn)2個(gè)因素：變異位點(diǎn)的位置和造成的影響，HGVS通個(gè)以下3個(gè)方面來(lái)定義一個(gè)變異位點(diǎn)

1. reference sequence

2. position

3. variant type

1. 參考序列

所有的突變位點(diǎn)必須基于一個(gè)參考序列進(jìn)行定位，不同類(lèi)型的參考序列前綴不同，g代表基因組參考序列;c代表編碼蛋白的DNA序列;m代表線粒體參考序列；n代表非編碼DNA序列；r代表RNA序列；p代表蛋白質(zhì)序列。

所有的參考序列必須是NCBI或者EBI數(shù)據(jù)庫(kù)中的ID,必須同時(shí)包含accession和version, 比如NC_000023.10, NC_000023代表編號(hào)，10代表版本號(hào)。各種類(lèi)型的參考序列示例如下

NC_000023.10
NG_012232.1
NM_004006.2
NR_002196.1
NP_003997.1

一個(gè)典型的HGVS命名示例如下：

NC_000023.9:g.32317682G>A

NC_000023.9是NCBI中人類(lèi)的X染色體的編號(hào)，在參考序列之后緊跟著一個(gè)冒號(hào)，用于分隔參考序列和突變信息，g代表基因組序列，g.32317682代表在基因組上的位置， G>A表示由G堿基突變成A堿基。

如果突變位點(diǎn)在NCBI和EBI中沒(méi)有合適的參考序列，最終的解決方案就是申請(qǐng)一個(gè)LRG編號(hào)，網(wǎng)址如下

http://www.lrg-sequence.org/

在該數(shù)據(jù)庫(kù)中對(duì)于HGNC定義的gene ?symbol也出給了對(duì)應(yīng)的LRG編號(hào)

2. 定位

對(duì)于突變位點(diǎn)而言，位置信息是基本信息之一。對(duì)于不同的參考序列，定位的策略也稍有差異。

g代表基因組，m代表線粒體, p代表蛋白質(zhì)，這三種參考序列在定位時(shí)，都是從1開(kāi)始計(jì)數(shù)，寫(xiě)法為g.1, m.1, p.1, 除此之外，不需要任何的修飾符號(hào)。

c代表編碼蛋白的DNA序列，從起始密碼子的第一個(gè)堿基開(kāi)始計(jì)數(shù)，寫(xiě)法為c.1, 只對(duì)exon區(qū)間進(jìn)行計(jì)數(shù)，終點(diǎn)為終止密碼子的最后一個(gè)堿基。

對(duì)于起始密碼子上游的堿基，采用負(fù)號(hào)表示，比如c.-1；對(duì)于終止密碼子下游的堿基, 采用*表示，比如c.*1;

在內(nèi)含子區(qū)的變異位點(diǎn)要根據(jù)距離來(lái)決定，靠近內(nèi)含子5’末端的變異位點(diǎn)，要根據(jù)上游最近的外顯子的最后一個(gè)堿基來(lái)定位，示例c.87+4.上游最近的外顯子的邊界位置為87，變異位點(diǎn)在內(nèi)含子5’端開(kāi)始的第4個(gè)堿基；

靠近內(nèi)含子3’末端的變異位點(diǎn)，要根據(jù)下游最近的外顯子的第一個(gè)堿基來(lái)定位，示例c.109-4.下游最近的外顯子的邊界位置為109，變異位點(diǎn)在內(nèi)含子3’端開(kāi)始的第4個(gè)堿基；

位于5’UTR和3’UTR區(qū)的變異位點(diǎn)，也當(dāng)做內(nèi)含子區(qū)來(lái)處理，5’UTR區(qū)添加c.-前綴；比如c.-85+1;3’UTR區(qū)添加c.*前綴，比如c.*37+1。

3. 變異類(lèi)型

不同突變類(lèi)型表示方式不同

Substitution 點(diǎn)突變: 格式如下

prefix:position_substituted"reference_nucleotide">"new_nucleotide"

prefix代表參考序列，position_substituted代表突變位點(diǎn)在參考序列上的位置，reference_nucleotide代表參考序列上的堿基；>大于號(hào)表明變異類(lèi)型為點(diǎn)突變， new_nucleotide代表突變之后的堿基，示例如下

NC_000023.10:g.33038255C>A

Deletion 缺失：格式如下

prefix"position(s)_deleted"del

prefix代表參考序列，positions_deleted代表缺失堿基在參考序列上的位置，del表明變異類(lèi)型為缺失，示例如下

NG_012232.1:g.19_21del

當(dāng)缺失堿基數(shù)大于1個(gè)時(shí)，需要指定起始位置和終止位置，二者之間用下劃線連接。還可以在后面跟上缺失的堿基序列，比如

NG_012232.1:g.19_21delTGC

Insertion 插入：格式如下

prefix"positions_flanking"ins"inserted_sequence"

prefix代表參考序列，position_flanking代表插入序列起點(diǎn)在參考序列上的位置；ins表明變異類(lèi)型為插入， inserted_sequence代表插入的堿基序列，示例如下

NC_000023.10:g.32862923_32862924insCCT

插入的序列一定是位于參考序列上兩個(gè)堿基之間，在描述插入序列的位置時(shí)，即使插入的堿基只有個(gè)，也需要兩個(gè)位置，比如上述示例中的位置為32862923_32862924。

Deletion-insertion : indel, 同時(shí)發(fā)生了插入和缺失，格式如下

prefix"position(s)_deleted"delins"inserted_sequence"

prefix代表參考序列，position(s_deleted代表缺失序列在參考序列上的位置；delins表明變異類(lèi)型為插入缺失， inserted_sequence代表插入的堿基序列，示例如下

NC_000023.10:g.6775_6777delinsC

上述示例代表NC_000023.10染色體上的6775到6777共3個(gè)堿基突變成了C堿基，可以理解為這3個(gè)堿基先缺失，然后插入1個(gè)C堿基。

Duplication : 重復(fù)序列，基因組上的部分堿基重復(fù)出現(xiàn)，和插入的效果類(lèi)似，格式如下

prefix"position(s)_duplicated"dup

prefix代表參考序列，position(s)_duplicated代表重復(fù)序列在參考序列上的位置；dup表明變異類(lèi)型為重復(fù)序列，示例如下

NM_004006.2:c.20_23dup

如果只有一個(gè)堿基重復(fù)時(shí)，可以只寫(xiě)1個(gè)位置，比如NM_004006.2:c.20dup；
雖然重復(fù)序列和插入有點(diǎn)類(lèi)似，但是不可以改寫(xiě)成插入的格式，一定要寫(xiě)成重復(fù)序列的格式

Inversion : 倒位，突變成了反向互補(bǔ)的堿基，格式如下

prefix"positions_inverted"inv

prefix代表參考序列，positions_inverted代表倒位序列在參考序列上的位置；inv表明變異類(lèi)型為倒位，示例如下

NC_000023.10:g.1077_1080inv

Conversion : 易位，染色體上部分區(qū)域替換為另一條染色體的堿基，格式如下

prefix"positions_converted"con"positions_replacing_sequence"

prefix代表參考序列，positions_converted代表易位序列在參考序列上的位置；con表明變異類(lèi)型為易位，positions_replacing_sequence代表替換堿基在參考序列上的位置，示例如下

NC_000012.11:g.6128892_6128954conNC_000022.10:17179029_17179091

上述示例表示NC_000012.11染色體上的6128892到6128954區(qū)間的堿基替換為NC_000022.10染色體上17179029到17179091區(qū)間的堿基。對(duì)于同一條染色體上的易位，positions_replacing_sequence中可以不寫(xiě)參考序列的名字。示例如下

NC_000022.10:g.42522624_42522669con42536337_42536382

以上只是HGVS的基本規(guī)則，更多的細(xì)節(jié)可以參考以下網(wǎng)址

http://varnomen.hgvs.org/

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