前面給大家簡(jiǎn)單介紹了

? 【R】蜜蜂圖beeswarm

? 【R】蜜蜂圖beeswarm-顏色

今天我們來(lái)給大家來(lái)個(gè)實(shí)戰(zhàn)，相信大家經(jīng)常會(huì)在文章里面看到下面這樣的圖。這就是一張典型的蜜蜂圖，不過(guò)技術(shù)含量要更高一些。這張圖其實(shí)包含了三個(gè)技術(shù)要點(diǎn)

1）蜜蜂圖

2）分位線

3）統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)p值，或者顯著性。我們前面也講過(guò)怎么樣將p值轉(zhuǎn)換成相應(yīng)的星號(hào)來(lái)表示統(tǒng)計(jì)顯著性。

? 【R語(yǔ)言】P值轉(zhuǎn)換成***

1. 數(shù)據(jù)來(lái)源

這張圖里面用到的數(shù)據(jù)來(lái)自TCGA，這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)做腫瘤研究的小伙伴應(yīng)該很熟悉了。還不了解的小伙伴可以參考

? TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)介紹及數(shù)據(jù)挖掘

2. 顏色

根據(jù)樣本類型，我們可以將gene的表達(dá)值分成兩組，Normal組和Tumor組，然后統(tǒng)計(jì)每個(gè)組里面的樣本數(shù)，會(huì)顯示在x軸的標(biāo)簽上面。Normal組用藍(lán)色點(diǎn)展示，Tumor組用紅色點(diǎn)展示。

3. 分位線

這個(gè)分位數(shù)線，其實(shí)跟boxplot箱體的上邊沿，下邊沿和中線是一個(gè)概念。分別代表了表達(dá)量的1/4, 中位數(shù)和3/4分位數(shù)。

? m6a甲基化相關(guān)基因boxplot并顯示p值

4. p值或顯著性

這里根據(jù)樣本類型將gene的表達(dá)值分成兩組之后就可以做統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)了，一般可以做t檢驗(yàn)，或者做wilcox.test(不滿足正太分布)。然后我們可以根據(jù)需要顯示p值，或者顯示星號(hào)。

? 【R語(yǔ)言】三種批量做T檢驗(yàn)的方法

? 【R語(yǔ)言】P值轉(zhuǎn)換成***

這里我們用TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)里面的LUAD（肺腺癌的）FABP4基因?yàn)槔?/p>

最終我們得到下面的兩張圖

1）顯示p值

2）顯示顯著性星號(hào)

完整R代碼+詳細(xì)注釋。同時(shí)提供兩個(gè)代碼，一個(gè)針對(duì)TCGA數(shù)據(jù)，一個(gè)為通用代碼。???

【R語(yǔ)言】蜂群圖+分位線+顯著性或p值