Title： Variation in abundance of predicted resistance genes intheBrassica oleraceapangenome
摘要：
甘藍(lán)（Brassica oleraceais）是一種重要的農(nóng)業(yè)物種，包括許多蔬菜作物，包括卷心菜，花椰菜，西蘭花和羽衣甘藍(lán);然而，它可能容易受到各種各樣的真菌疾病，如根莖，黑脛病，葉斑病和霜霉病。對疾病的抗性由特異性抗病基因類似物（RGA）以決定，在這里，研究者對甘泛基因組中中RGA候選基因的比較分析。他們證明RGA候選基因的PAV特性有所差異。甘藍(lán)中SNP和存在/缺失變異等不同的機(jī)制驅(qū)動RGA多樣性。研究者鑒定了59個與候賀菌，根莖和枯萎病抗性QTL相關(guān)的候選物，這些發(fā)現(xiàn)對甘藍(lán)的作物育種有重要的影響。
這篇文章的思路蠻好的，雖然本質(zhì)上也是基因家族的研究，但其設(shè)計(jì)的研究內(nèi)容與一般的基因家族的文章有所不同。沒有涉及到任何濕實(shí)驗(yàn)，但文章IF還不錯。值得感興趣的朋友學(xué)習(xí)。
文章思路
- 泛基因中RGA抗病基因類似物候選基因的鑒定
- RGA抗性基因物理集群的分布
- RGA抗性基因基于序列相似度的集群
- RGA抗性基因與TE的聯(lián)系
- RGA抗性基因SNP的分析
- PAV與SNP之間的關(guān)聯(lián)
- 將RGA與已知道的QTL相關(guān)聯(lián) （這里相當(dāng)于一個表型的關(guān)聯(lián)，是文章能上5分的 關(guān)鍵）
文章沒有設(shè)計(jì)過多的一般的基因家族套路分析，揚(yáng)長避短選擇自己比較熟悉的PAV和SNP進(jìn)行分析，然后還加入了與之相關(guān)一些分析例如與TE之間的聯(lián)系等。當(dāng)然如果你想模仿這篇文章，由于文中涉及到不少泛基因組的知識，你的作物必須有一個泛基因組，加上你必須對改泛基因有一定的了解才能進(jìn)行模仿。
具體內(nèi)容就不進(jìn)行解讀，因?yàn)樯飳W(xué)意義的亮點(diǎn)不多，不過總體思路對于對泛基因組或者基因組的基因發(fā)掘是很值得參考的。
