部分示例數(shù)據(jù)如下

image.png

• 第一列是數(shù)值
• 第二列是處理一
  -第三列是處理二

最終出圖如下

image.png

這里自動(dòng)做統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)的函數(shù)是 stat_compare_means()

首先是做箱線圖和小提琴圖的代碼

讀入數(shù)據(jù)

df<-read.csv("boxplot_example_1.csv",
             header=T)
head(df)

作圖

library(ggplot2)
ggplot(data=df,aes(x=dose,y=len,fill=supp))+
  geom_violin()+
  geom_boxplot(width=0.2,
               position = position_dodge(0.9))+
  theme_bw()+
  theme(panel.grid = element_blank())+
  scale_fill_manual(values = c("yellowgreen", "violetred1"))

image.png

添加顯著性檢驗(yàn)的P值

這個(gè)函數(shù)來(lái)自于ggpubr這個(gè)包，只需要指定根據(jù)那一列來(lái)分組就可以了

library(ggpubr)
ggplot(data=df,aes(x=dose,y=len,fill=supp))+
  geom_violin()+
  geom_boxplot(width=0.2,
               position = position_dodge(0.9))+
  theme_bw()+
  theme(panel.grid = element_blank())+
  scale_fill_manual(values = c("yellowgreen", "violetred1"))+
  stat_compare_means(aes(group=supp))

默認(rèn)的是Wilcoxon Rank Sum and Signed Rank Tests，如果要用t檢驗(yàn)指定method參數(shù)

ggplot(data=df,aes(x=dose,y=len,fill=supp))+
  geom_violin()+
  geom_boxplot(width=0.2,
               position = position_dodge(0.9))+
  theme_bw()+
  theme(panel.grid = element_blank())+
  scale_fill_manual(values = c("yellowgreen", "violetred1"))+
  stat_compare_means(aes(group=supp),
                     method = "t.test")

如果想把P值改成星號(hào)，直接加label=“p.signif”參數(shù)

ggplot(data=df,aes(x=dose,y=len,fill=supp))+
  geom_violin()+
  geom_boxplot(width=0.2,
               position = position_dodge(0.9))+
  theme_bw()+
  theme(panel.grid = element_blank())+
  scale_fill_manual(values = c("yellowgreen", "violetred1"))+
  stat_compare_means(aes(group=supp),
                     method = "t.test",
                     label="p.signif")

這里如果不顯著會(huì)在圖上顯示ns，如果不想要ns，可以加hide.ns = TRUE參數(shù)

星號(hào)的位置可以手動(dòng)指定，用label.y = c(26,31)參數(shù)

接下來(lái)是添加線段

使用到的是ggsignif這個(gè)包

  geom_signif(annotations = c("",""),
              y_position = c(25,30),
              xmin = c(0.8,1.8),
              xmax = c(1.2,2.2),
              tip_length = c(0.02,0.4,0.02,0.2))

• annotations 參數(shù)后指定線段上跟什么內(nèi)容，這里上面已經(jīng)自動(dòng)添加好星號(hào)了，所以不要任何內(nèi)容了

• y_position 線段的位置

• xmin 線段的最左端

• xmax 線段的最右端

• tip_length 線段的垂直長(zhǎng)度

完整代碼

df<-read.csv("boxplot_example_1.csv",
             header=T)
head(df)
library(ggplot2)
library(ggpubr)
library(ggsignif)

ggplot(data=df,aes(x=dose,y=len,fill=supp))+
  geom_violin()+
  geom_boxplot(width=0.2,
               position = position_dodge(0.9))+
  theme_bw()+
  theme(panel.grid = element_blank())+
  scale_fill_manual(values = c("yellowgreen", "violetred1"))+
  stat_compare_means(aes(group=supp),
                     label="p.signif",
                     method = "t.test",
                     hide.ns = TRUE,
                     label.y = c(26,31))+
  geom_signif(annotations = c("",""),
              y_position = c(25,30),
              xmin = c(0.8,1.8),
              xmax = c(1.2,2.2),
              tip_length = c(0.02,0.4,0.02,0.2))

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