fastq-dump是SRAtoolkit中使用頻率很高的命令，用于從SRA文件中拆解提取fastq文件。具體用法如下：

Usage:
  fastq-dump [options] <path> [<path>...]
  fastq-dump [options] <accession>
Use option --help for more information

一. 拆解一個sra文件

cd ~/Seqs
fastq-dump --split-files SRR6232298.sra

• SRR6232298.sra是一個PE測序結(jié)果，所以，需要--split-files參數(shù)可以將其分解為兩個fastq文件。
• 如果不加該參數(shù)，則只有1個fastq文件（包含了兩端測序的結(jié)果）

二.批量拆解sra文件

1. 新建腳本文件

nano fqdump.sh

2. 輸入以下腳本

#!/bin/sh
for i in *sra
do
echo $i
fastq-dump --gzip --split-files $i
done

Ctrl+O; Ctrl+X保存退出。
**這里--gzip參數(shù)是為了生成壓縮的gz格式fastq文件，以節(jié)省磁盤空間

3. 運(yùn)行腳本

sh fqdump.sh

image.png

詳細(xì)說明請參加官方Documentation
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc&f=fastq-dump
以及hiptop的簡書文章：
http://www.itdecent.cn/p/a8d70b66794c