- highly efficient assembler of RNA-Seq alignments into potential transcripts
1. 基本代碼
stringtie [-o <output.gtf>] [other_options] <read_alignments.bam>
輸入：SAM, BAM or CRAM file with RNA-Seq read alignments sorted by their genomic location
輸出：GTF
2. 大致的選項:
-h/--help：Prints help message and exits
--version：Prints version and exits
-L：long reads processing mode
--mix：mixed reads processing mode
-e：expression estimate mode，僅計算-G提供的參考本的表達(dá)量
-v：verbose mode
-o：輸出的GTF文件名
-p：多線程
-G：提供參考轉(zhuǎn)錄本
--rf：
--fr：
--ptf：點(diǎn)特征文件，點(diǎn)特征包括轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)（TSS）和polyA
-l：輸出轉(zhuǎn)錄本的前綴，默認(rèn)STRG
-f：設(shè)置少見變體的最小占比。占比越小，越可能時誤差導(dǎo)致的
-m：轉(zhuǎn)錄本最小長度
-A：
-C：輸出-G提供的參考本的GTF文件
-a：spliced reads在連接點(diǎn)兩端的堿基數(shù)目要高于一定量
-j：連接點(diǎn)需要一定數(shù)目的reads
-t：關(guān)閉裁剪兩端序列
-c：最小read覆蓋率，默認(rèn)1
-s：對于單外顯子轉(zhuǎn)錄本的最小read覆蓋率，默認(rèn)4.75
--conservative：保守模式，等同于-t -c 1.5 -f 0.05
-g：最小gap長度，小于該值的reads會被融合，默認(rèn)50bp
-B：輸出output of Ballgown input table files (*.ctab) containing coverage data for the reference transcripts given with the -G option
-b：可接輸出ctab文件的路徑，最好與-e合用，不然會產(chǎn)生預(yù)測的轉(zhuǎn)租本
-M：
-x：忽略匹配到指定參考本上的reads，可以是參考序列名
-u：關(guān)閉多位點(diǎn)匹配校正，默認(rèn)如果一個read匹配到多個位置，哪個這個read的貢獻(xiàn)讀就平攤
--ref/--cram-ref：
--merge：Transcript merge mode，與以上的組裝模式不同。輸入GTF/GFF文件，產(chǎn)生a uniform set of transcripts for all samples. Output is a merged GTF file with all merged gene models, but without any numeric results on coverage, FPKM, and TPM. Then, with this merged GTF, StringTie can re-estimate abundances by running it again with the -e option on the original set of alignment files, as illustrated in the figure below.可借助-G的參考本
3. 輸入
3.1. 輸入必須是sorted，TopHat的輸出是sorted，但其他的不是，可samtools sort
3.2. 輸入序列要有tag表明是參考序列，TopHat與HISAT2會自動添加，STAR需要--outSAMstrandField intronMotif。對于長reads比對minimap2，需-ax splice
3.3. 主要的輸入?yún)?shù)有-L，-mix，-G，-e
4. 輸出
4.1. GTF文件：主要包含組裝的轉(zhuǎn)錄本，包含9列信息
4.2. 基因豐富度文件：-A選項輸出
4.3. Fully covered transcripts：-G選項輸出
GTF文件，a file with all the transcripts in the reference annotation that are fully covered, end to end, by reads
4.4. Ballgown Input Table Files
4.5. Merged GTF
