有很多時候，看網上的教程，不如仔細閱讀工具的使用說明，我準備系統學習一下plink的用法。
按照官網的教程，下載下來的那個包里面有example
plink_mac
其實，看再多，不如一條命令跑一下來的實在
plink --file toy --freq --out toy_analysis
simple
好了跑完了，我們來分析一下
- 命令都是plink開頭的
- --file 代表的輸入文件 只要所有輸入文件的前綴就可以
- Input data: '--file toy' tells PLINK to use the genomic data in the text files toy.ped and toy.map.
- --freq 這一層是表示要進行運算，后續(xù)有很多命令，換個名字而已，當然還有各種參數，這里freq指的是統計等位基因的頻率
- Calculation(s)2 to perform: --freq tells PLINK to generate an allele frequency report. The full range of supported calculations is summarized under 'Main functions' in the sidebar.
- --out 指定輸出文件，只要指定前綴就可以，建議不要重復，因為文件多了會抹掉前面的文件。如果你不設置的話，應該是會報錯的
By default, the output files generated by PLINK all have names of the form 'plink.xyz', where '.xyz' is one of these extensions. This is fine for a single run, but as soon as you make more use of PLINK, you'll start causing results from previous runs to be overwritten.Therefore, you usually want to choose a different output file prefix for each run. --out causes 'plink' to be replaced with the prefix you provide. E.g. in the example above, '--out toy_analysis' caused PLINK to create a file named toy_analysis.frq instead of plink.frq.
我們來看生成的文件
result
以上就是對簡單的plink程序使用介紹，其實要學會使用plink做GWAS，還得有統計遺傳的基礎知識，要熟悉各種輸入的格式才行
