1. R Markdown 簡介

1.1 Markdown 簡介

Markdown是?種輕量級標記語?，它允許我們可以通過簡單的?本格式編寫?檔，語法簡單、上?容易，所以越來越多的人都在使用它，而且現(xiàn)在還有有很多可以?持Markdown編輯的應(yīng)?軟件，例如Typora、Notion等，通過這些?具可以便捷地完成Markdown編輯，并且?持導(dǎo)出PDF、HTML等多種格式。是不是覺得好像也不太常見，實則不然吶！其實我們平常經(jīng)常使用的簡書、知乎、CSDN也都支持Markdown呢！

常用語法展示：

| 名稱        | 顯示|
|:-----------|:----------|
| 常規(guī)        | default|
| 斜體        | *italics* and _italics_|
| 粗體        | **bold** and __bold__|
| 上標        | superscript^2^|
| 下標        | HO~2~|
| 代碼        | `code`|
| 刪除線      | ~~strikethrough~~|
| 鏈接        | [Markdown官網(wǎng)](https://markdown.com.cn/)|
| 標題        | ## H2 |
| 短橫線      | - |
| 長橫線      |  ---|
| 省略號      | ...|
| 水平線      | ***|
| 圖片        | ![caption](pictures/mua.jpg)|
| 表格        | 這不就是嘛|
| 有序列表    | 1.  第一點|
| 無序列表    | -   第一點|

效果展示如下：

名稱	顯示
常規(guī)	default
斜體	italics and italics
粗體	bold and bold
上標	superscript²
下標	HO₂
代碼	`code`
刪除線	~~strikethrough~~
鏈接	Markdown官網(wǎng)
標題	## H2
短橫線	-
長橫線	---
省略號	...
水平線	***
圖片	mua.jpg
表格	這不就是嘛
有序列表	1. 第一點
無序列表	- 第一點

深入學(xué)習(xí)Markdown詳見：https://markdown.com.cn/

1.2 R Markdown 簡介

R Markdown是R語?環(huán)境中提供的Markdown編輯?具，?R Markdown撰寫?章，既可以像?般的Markdown編輯器?樣編輯?本，也可以插?代碼塊，并將代碼運?結(jié)果輸出在Markdown?。這種格式我們稱之為R Markdown格式，簡稱為Rmd格式，相應(yīng)的源?件擴展名為.Rmd。輸出格式可以是HTML、docx、pdf等。

對于經(jīng)常使?R語?（不止R，也支持其他語言，如Python、SQL、Stan等）的人來說，比如我們，別人偶爾可能會需要復(fù)現(xiàn)我們的工作，那么這個時候，R Markdown就可以助我們一臂之力，以便于他人實現(xiàn)工作復(fù)現(xiàn)?？梢哉fRmd是又便捷又實用！

R Stidio官網(wǎng)（初步了解）
R Markdown Cookbook（相對基礎(chǔ)）
R Markdown: The Definitive Guide（非常全面）
R Markdown Cheat Sheet

如果上述鏈接失效，可以在這里找到你想要的噢！

2. R Markdown 的使用

2.1 安裝

R Markdown不需要R Studio，但建議使?R Studio，因為如果沒有安裝R Studio，就必須安裝Pandoc，而R Studio已和它捆綁在?起，所以無需對其進行單獨安裝。

Rstudio中安裝R Markdown軟件包，可以通過下?任意?種?式：

# from CRAN
install.packages('rmarkdown')

# install from GitHub
devtools::install_github('rstudio/rmarkdown')

library(rmarkdown)

如果要?成PDF輸出，則需要安裝LaTeX。對于從未安裝過LaTeX的R Markdown?戶，建議安裝TinyTeX：

install.packages('tinytex')
tinytex::install_tinytex()

TinyTex是謝益輝大神專為R Markdown開發(fā)的超輕量級的Latex環(huán)境，是?種輕便、可移植、跨平臺、易于維護的LaTeX發(fā)?版。R中的配套軟件包tinytex可以幫助我們在將LaTeX或R Markdown?檔編譯為PDF時?動安裝缺少的LaTeX軟件包，并確保將LaTeX?檔編譯正確的次數(shù)以解決所有交叉引?。

2.2 新建 R Markdown

點擊Rstudio左上?的新建項?，選擇R markdown?件格式，就可以建??個R Markdown的編輯?件。像這樣：

新建文件
在彈出的框?，可以填寫R Markdown的Title、Author以及默認的輸出?件格式，?般可以選擇HTML、PDF、Word格式。

創(chuàng)建界面
在新建的R Markdown?件?，主要包含三塊內(nèi)容：1.YAML；2.R Markdown?本；3.代碼塊。

文件界面

YAML ------ R Markdown的頭部?件（紅），YAML定義了R Markdown的性質(zhì)，?如title、author、date、指定 output?件類型等。
Markdown文本 ------ Markdown?本是R Markdown?的主要內(nèi)容（黃），是使用者按照Markdown語法??編寫的?本內(nèi)容。
代碼塊 ------ R Markdown的?個主要功能是可以執(zhí)??件內(nèi)的代碼塊（藍），并且將代碼執(zhí)?結(jié)果展?在Markdown?。這對撰寫分析報告帶來了極?滴便利。Rmd?件中除了R代碼段以外，還可以插?Python、SQL等許多編程語?的代碼段，常?編程語?還可以與R代碼段進?信息交換。

R studio 界面簡單介紹

詳見視頻演示

2.3 R Markdown 的導(dǎo)出

導(dǎo)出方法：

手動
命令行

2.3.1 手動導(dǎo)出

?動點擊Knit按鈕，選擇導(dǎo)出格式類型即可，Rstudio?持導(dǎo)出PDF、html、word三種類型。

導(dǎo)出文件

界面如下：

導(dǎo)出界面

2.3.2 命令行導(dǎo)出

命令?導(dǎo)出主要依靠render實現(xiàn)，render函數(shù)主要包含下面兩個參數(shù):

input：指定需要導(dǎo)出的Rmd?件地址
output_format：指定需要導(dǎo)出的?件類型，同樣?持pdf、word、html等多種?件格式。若未指定output_format格式，則輸出Rmd?件中output指定的格式類型。

render("FileName.Rmd")
render(input = "./save/path/FileName.Rmd", output_format = "html_document")

2.4 代碼輸出

2.4.1 行內(nèi)代碼

詳見視頻演示

我們?nèi)绻Ｍ敵鲂袃?nèi)代碼，只需要將需要輸出的代碼用一對反引號``包括起來即可，像這樣：

r sum(1:5)`

也可以文本結(jié)合代碼，如下：

數(shù)據(jù)之和為x <- rnorm(5)

更高階的還有，比如：

date: `r Sys.Date()`
date: 最近更新日期為`r format(Sys.time(), '%d %B, %Y')`

這樣我們就可以隨著我們編輯文檔的時間動態(tài)生成日期。除了上面的寫法，還可以這樣：

%B %Y: November 2022
%d/%m/%y: 07/11/22
%a/%d/%b: Mon 07 Nov

2.4.2 代碼塊

R代碼塊?般通過{r}來插?，也可以使用快捷鍵：Ctrl+Alt+I / option + cmd + I，也可以直接點擊右上方綠色的+C。

詳見視頻演示

默認情況下代碼和結(jié)果會在輸出?件中呈現(xiàn)。如果通過參數(shù)來控制代碼塊運?結(jié)果的輸出情況可以在{r}中設(shè)置。?般包括代碼及運?結(jié)果的輸出、圖?表格格式定義等。

2.4.2.1 通過選項設(shè)置參數(shù)

輸出信息選項

eval: 加選項eval=FALSE,可以使得代碼僅顯??不實際運?。這樣的代碼段如果有標簽，可以在后續(xù)代碼段中被引?。
include: 加選項include=FALSE，則本代碼段僅運?，但是代碼和結(jié)果都不寫?到?成的?檔中。
echo: echo參數(shù)控制了Markdown是否顯?代碼塊。若echo=TRUE，則表?代碼塊顯?在markdown?檔顯?代碼塊；反之，代碼塊不出現(xiàn)在輸出結(jié)果中。
collapse: ?個代碼塊的代碼、輸出通常被分解為多個原樣?本塊中，如果?個代碼塊希望所有的代碼、輸出都寫到同?個原樣?本塊中，加選項collapse=TRUE。
prompt: prompt=TRUE代碼?R的>提?符開始。
comment:如果希望結(jié)果不?#號保護，使?選項comment=''。
results: ?選項results=選擇?本型結(jié)果的類型。取值有：
- markup，這是缺省選項，會把?本型結(jié)果變成HTML的原樣?本格式;
- hide，運?了代碼后不顯?運?結(jié)果;
- hold，?個代碼塊所有的代碼都顯?完，才顯?所有的結(jié)果。
- asis，?本型輸出直接進?到HTML?件中，這需要R代碼直接?成HTML標簽，knitr包的kable()函數(shù)可以把數(shù)據(jù)框轉(zhuǎn)換為HTML代碼的表格。

錯誤信息選項

warning，選項warning=FALSE使得代碼段的警告信息不進?編譯結(jié)果，?是在控制臺中顯?。有?些擴展包的載?警告可以?這種辦法屏蔽。
error，選項error=FALSE可以使得錯誤信息不進?編譯結(jié)果，?是出錯停?并將錯誤信息在控制臺中顯?。
message，選項message=FALSE可以使得message級別的信息不進?編譯結(jié)果，?是在控制臺中顯?。

全局設(shè)置

若R Markdown內(nèi)的代碼塊存在?樣的參數(shù)設(shè)置，則可以提前設(shè)計好全局的代碼塊參數(shù)。全局代碼塊通過knitr::opts_chunk$set函數(shù)進?設(shè)置，?般設(shè)置在YAML?件下?。注：局部參數(shù)設(shè)置優(yōu)先級大于全局參數(shù)設(shè)置。

knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)

2.4.2.2 R studio 界面直接設(shè)置參數(shù)（部分但便捷）

導(dǎo)出界面

2.5 圖片輸出

詳見視頻演示

2.5.1 插?內(nèi)部代碼?成的圖形

fig.show：設(shè)置了圖?輸出?式
- fig.show=‘a(chǎn)sis’：表?plot在產(chǎn)?他們的代碼后?
- fig.show=‘hold’：所有代碼產(chǎn)?的圖?都放在?個完整的代碼塊之后
- fig.show=‘a(chǎn)nimate’：表?將所有?成的圖?合成?個動畫圖?
  - 需要進行一些設(shè)置，詳見https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/animation.html
- fig.show=‘hide’：表?產(chǎn)?所有圖?,但是并不展?
fig.width：設(shè)置圖?輸出的寬度
fig.height：設(shè)置圖?輸出的?度
- 也可直接在R studio界面進行設(shè)置
fig.align：設(shè)置圖?位置排版格式，默認為left,可以為right或者center
fig.cap ：設(shè)置圖?的標題
fig.subcap：設(shè)置圖?的副標題
out.width和out.height選項指定在輸出中實際顯?的寬和?，如果使?如"90%"這樣的百分數(shù)單位則可以?適應(yīng)輸出的??。

2.5.2 插?外部圖形

圖片不是由R代碼生成，有兩種方法插入：

使?Markdown語法[圖片上傳失敗...(image-5cc1e7-1669694667073)]，你可以使?width和height屬性來設(shè)置圖像的??。

![caption](xxx.png){width=50%}

注意：圖??件放的位置（如果和Rmd同??錄，可以直接xxx.png；如果在其他位置要加上相對路徑）。

在visual狀態(tài)下，直接外部拉?圖形即可，會?動保存在相對?件夾的images文件夾中，或者點擊圖形按鈕導(dǎo)?。

插入外部圖形
在代碼塊中使?knitr函數(shù)knitr::include_graphics()。圖?尺?更改與插?R代碼?成的圖形的情況相同。

knitr::include_graphics("./pictures/inputfig.png")

2.6 表格輸出

詳見視頻演示

2.6.1 插入外部表格

采用Markdown形式即可，如下：

    |表頭|第二列|第三列|
    |:--|:--|:--|
    |第一行|1|2|
    |第二行|4|3|
    |第三行|5|6|

效果展示：

表頭	第二列	第三列
第一行	1	2
第二行	4	3
第三行	5	6

表格前面加回車，不然無法展示（項目符號同）。

如果在表格中插入一個|，表格就會混亂，因為它無法正確區(qū)別這個|是屬于表格的一部分還是僅僅只是表示|。如下：

    |表頭|第二列|第三列|
    |:--|:--|:--|
    |第一行|a|b|2|
    |第二行|4|3|
    |第三行|5|6|

錯誤效果展示：

表頭	第二列	第三列
第一行	a	b
第二行	4	3
第三行	5	6

在表格中可以使用&#124(&#124結(jié)尾要加個分號;)來表示|。

    |表頭|第二列|第三列|
    |:--|:--|:--|
    |第一行|a&#124;b|2|
    |第二行|4|3|
    |第三行|5|6|

正確效果展示：

表頭	第二列	第三列
第一行	a\|b	2
第二行	4	3
第三行	5	6

在visual狀態(tài)下，可直接操作R Studio界面進行表格插入與設(shè)置，如下：

插入外部表格

設(shè)置插入表格

表格效果展示

2.6.2 插入內(nèi)部代碼生成的表格

詳見視頻演示

我們可以使用knitr包的kable函數(shù)，可以?來把數(shù)據(jù)框或矩陣轉(zhuǎn)化成有格式的表格，?持HTML、docx、LaTeX等格式。

knitr::kable(exp_table)

格式調(diào)整詳見參數(shù)，比如：digits設(shè)置小數(shù)點后位數(shù)，align設(shè)置排列方式。

pander包的pander函數(shù)也可以將多種R輸出格式轉(zhuǎn)換成knitr需要的表格形式。

pander::pander(exp_table)

pander包在表中有中文時會出錯。

其他包：tables，tangram，ztable，condformat等等......

2.6.3 表格渲染

通過前?可以看到：?knitr::kable()輸出表格結(jié)果其實不是?常美觀，并且很多功能都不能實現(xiàn)。這時我們可以?kableExtra、huxtable等擴展包來美化表格，對字體大小、對齊方式、邊框底紋、選擇高亮等等進行設(shè)置。

kableExtra包的使用，詳見:

幫助文檔
or https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/kableextra.html
or https://haozhu233.github.io/kableExtra/。

3. R Markdown 的主題

R Markdowm作為制作可重復(fù)性報告的優(yōu)秀?具，除了提供?檔編輯、圖表輸出外，還有許多主題格式供我們選擇。除了默認主題外，還可以通過加載rticles、prettydoc、rmdformats、tufte、cerulean等包獲取更多主題格式。下?我們看看?類擴展包?的主題樣式。

記得先安裝！

詳見視頻演示

rticles可以更好地進行PDF及其他格式導(dǎo)出，其他包更適用于HTML格式導(dǎo)出。

官網(wǎng)：https://github.com/rstudio/rticles
教程：https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/rticles-templates.html

參考資料

https://www.bilibili.com/video/BV1ib4y1X7r9
https://rmarkdown.rstudio.com/lesson-1.html
https://www.bookstack.cn/read/rmarkdown-cookbook-1.0-en/5d40b1b09165871a.md
https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/
http://www.itdecent.cn/p/4705a1dc8e5a
http://www.itdecent.cn/p/f71fac797a6c
https://markdown.com.cn/cheat-sheet.html

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R Markdown 的使用｜保姆級教程

R Markdown 的使用｜保姆級教程

1. R Markdown 簡介

1.1 Markdown 簡介

1.2 R Markdown 簡介

2. R Markdown 的使用

2.1 安裝

2.2 新建 R Markdown

2.3 R Markdown 的導(dǎo)出

2.3.1 手動導(dǎo)出

2.3.2 命令行導(dǎo)出

2.4 代碼輸出

2.4.1 行內(nèi)代碼

2.4.2 代碼塊

2.4.2.1 通過選項設(shè)置參數(shù)

輸出信息選項

錯誤信息選項

全局設(shè)置

2.4.2.2 R studio 界面直接設(shè)置參數(shù)（部分但便捷）

2.5 圖片輸出

2.5.1 插?內(nèi)部代碼?成的圖形

2.5.2 插?外部圖形

2.6 表格輸出

2.6.1 插入外部表格

2.6.2 插入內(nèi)部代碼生成的表格

2.6.3 表格渲染

3. R Markdown 的主題

參考資料

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2.2 新建 R Markdown

2.3 R Markdown 的導(dǎo)出

2.3.1 手動導(dǎo)出

2.3.2 命令行導(dǎo)出

2.4 代碼輸出

2.4.1 行內(nèi)代碼

2.4.2 代碼塊

2.4.2.1 通過選項設(shè)置參數(shù)

輸出信息選項

錯誤信息選項

全局設(shè)置

2.4.2.2 R studio 界面直接設(shè)置參數(shù)（部分但便捷）

2.5 圖片輸出

2.5.1 插?內(nèi)部代碼?成的圖形

2.5.2 插?外部圖形

2.6 表格輸出

2.6.1 插入外部表格

2.6.2 插入內(nèi)部代碼生成的表格

2.6.3 表格渲染

3. R Markdown 的主題

參考資料

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