簡(jiǎn)介

http://eqtl.brainseq.org/
項(xiàng)目旨在描述主要神經(jīng)精神疾病和對(duì)照樣本中不同腦區(qū)域轉(zhuǎn)錄的多個(gè)方面的遺傳和表觀遺傳調(diào)控特征。該聯(lián)盟最初專注于精神分裂癥和情緒障礙，其目標(biāo)是闡明遺傳關(guān)聯(lián)的潛在分子機(jī)制，以確定新的治療靶點(diǎn)。

該聯(lián)盟目前由7家制藥公司和一家非盈利醫(yī)療研究機(jī)構(gòu)組成。
生成和分析與神經(jīng)精神疾病相關(guān)的可公開獲取的大腦基因組數(shù)據(jù)。

數(shù)據(jù)

Phase1: 738例樣本的RNA-seq數(shù)據(jù)，包括健康對(duì)照、精分患者、重度抑郁患者、雙相情感障礙患者?？刹樵?下載如下數(shù)據(jù)。

• phase1- eQTL Browser : 基于412例樣本（175精分患者，237例健康對(duì)照）的eQTL結(jié)果。
  可輸入SNP ID (rs號(hào))、基因編號(hào)或名稱進(jìn)行查詢，可以看到不同SNP allele下的表達(dá)量差異，在不同腦區(qū)（GTEx）的情況。

eQTL Browser

• phase1- Schizophrenia Browser：基于155例精分患者和196例健康對(duì)照的差異表達(dá)分析結(jié)果。

  
  
  Schizophrenia Browser

• phase1- Development Browser：從胎兒期到成年的基因表達(dá)變化情況，在五個(gè)層面統(tǒng)計(jì)了表達(dá)量（gene, exon, junction, transcript, expression region(ER)）。
  五個(gè)層面的定義見下圖（參考自文獻(xiàn)）

  
  

Phase2: dorsolateral prefrontal cortex（DLPFC）和海馬核糖體的RNA-seq數(shù)據(jù)，研究對(duì)象為成年精神分裂癥患者，以及橫跨生命周期的情況。目前僅開放了hippo區(qū)域的eQTL browser數(shù)據(jù)，輸入rs號(hào)或者基因編號(hào)或名稱即可。

eQTL Browser

雙擊方框變散點(diǎn)圖