方法學(xué)前半部分
sample collection
6個(gè)配對sample：化療前VS 化療后
RNA extraction
1.細(xì)胞提取/溶解
2.提取RNA：RNeasy Kit
library construction and sequencing
1.RNA QC：2100 Bioanalyzer（ RNA Integrity Number (RIN) ≥8）
2.RNA定量： NanoDrop 2000
3.建庫： TruSeq? RNA Library Prep Kit v2
4.測序：HiSeq 2500：2x150 bp PE
filtering
篩選三原則：
- reads with adaptor
2.N堿基占了5%以上的read
3.low-quality reads （低質(zhì)量read定義：Phred Quality<19的bases占了15%以上）
DEGs
1.FPKM: 出去測序深度及基因長度的影響
2.false discovery rate ≤ 0.05 and fold change ≥ 2
比對和豐度評估
程序：tophat/ Cufflinks
參考：轉(zhuǎn)錄組和hg19基因組
