由于缺少某些dll文件，Linux native版本的msconvert 無法進(jìn)行質(zhì)譜raw data的格式轉(zhuǎn)換
這時候，可以嘗試曲線救國的方式，在Linux環(huán)境，使用wine 運(yùn)行windows版本的msconvert。
ProteoWizard官方也提供了基于這種方式docker鏡像，可以直接pull 使用。

# 下載docker鏡像
docker pull chambm/pwiz-skyline-i-agree-to-the-vendor-licenses

Examples:

##直接運(yùn)行
docker run -it --rm -e WINEDEBUG=-all -v /home/xxx/rawfiles/:/data chambm/pwiz-skyline-i-agree-to-the-vendor-licenses wine msconvert /data/*.raw --filter "peakPicking true 1-"

## 交互式運(yùn)行，通過bash進(jìn)入
docker run -it --rm -e WINEDEBUG=-all -v /home/xxx/rawfiles/:/data chambm/pwiz-skyline-i-agree-to-the-vendor-licenses /bin/bash

目前能支持的vendor格式有：

image.png

If something goes wrong and there's no error, try rerunning without -e WINEDEBUG=-all.

Bugs

在使用docker版本msconvert轉(zhuǎn)換thermo raw data時，經(jīng)常遇到如下的錯誤：

[SpectrumWorkerThreads::work] error in thread: [SpectrumList_Thermo::spectrum()] Unknown exception retrieving spectrum "controllerType=0 controllerNumber=1 scan=18979"

這個錯誤并不具有可重復(fù)性，關(guān)掉之后，重新運(yùn)行，可以正常轉(zhuǎn)換格式。
這個錯誤持續(xù)的出現(xiàn)，比較討厭，官方似乎也沒有比較好的解決辦法，具體見：

https://sourceforge.net/p/proteowizard/mailman/message/33079689/

https://github.com/ProteoWizard/pwiz/issues/635

這種錯誤似乎是由于empty scan導(dǎo)致的，但在windows上并不會遇到這樣的錯誤。如果不是流程需要，暫時還是用windows版本吧。