scOrange—a tool for hands-on training of concepts from single-cell data analytics
支持研究人員和臨床醫(yī)生以互動(dòng)的形式分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)，容易上手且功能強(qiáng)大。包括數(shù)據(jù)可視化 ， 機(jī)器學(xué)習(xí)方法來(lái)分類和建模，進(jìn)一步降低單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析的門檻，使研究人員更加專注于從單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)中獲得有意義的見(jiàn)解，而非糾結(jié)于分析工具（特別是編程）。
直接導(dǎo)入數(shù)據(jù)，用起來(lái)比excel/ SPSS還要簡(jiǎn)單，界面長(zhǎng)這樣：
想執(zhí)行哪個(gè)功能直接從導(dǎo)航欄里面拖過(guò)來(lái)就可以了，然后想對(duì)哪個(gè)數(shù)據(jù)經(jīng)行此操作直接鼠標(biāo)拖著連線就能完成相應(yīng)的分析。每個(gè)圖標(biāo)代表一個(gè)對(duì)象，接受輸入和輸出，但是可以輸出到不同的分析點(diǎn)。比如上面的例子，我執(zhí)行完P(guān)CA之后，分別基于PCA的降維結(jié)果用三種聚類方式對(duì)細(xì)胞分群，然后分別執(zhí)行tsne以及heatmap可視化。不需要任何的編程經(jīng)驗(yàn)。
每一個(gè)圖標(biāo)均可以打開，有相應(yīng)的參數(shù)可以直接輸入修改，比如tsne的界面：
功能還在不斷更新，而且擁有完備的教程，如youtube教程，升級(jí)版的cloup軟件，或者windows版的cellranger，把函數(shù)的參數(shù)寫成一個(gè)又一個(gè)按鈕了。
提供豐富多樣的可視化工具，模型工具以及針對(duì)單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析的生物信息工具：
是一款方便易用開源的單細(xì)胞數(shù)據(jù)管理工具，初見(jiàn)真的會(huì)愛(ài)上它的！
這樣集成的界面工具我們時(shí)樂(lè)于看到的，但是編程不學(xué)，還是會(huì)被技術(shù)鎖死啊。
