一.prefetch下載：
安裝SRA Toolkit：
1.下載Toolkit：進(jìn)入下面的網(wǎng)址，選擇適合自己電腦的版本下載，網(wǎng)速不好的推薦掛后臺(tái)，80M左右，不大。
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software
2.解壓安裝： tar -zxvf? ? ?文件名
$ tar -zxvf sratoolkit.2.10.0-centos_linux64.tar.gz
sratoolkit.2.10.0-centos_linux64/
sratoolkit.2.10.0-centos_linux64/bin/
sratoolkit.2.10.0-centos_linux64/bin/abi-dump
sratoolkit.2.10.0-centos_linux64/bin/abi-dump.2
sratoolkit.2.10.0-centos_linux64/bin/abi-dump.2.10.0
sratoolkit.2.10.0-centos_linux64/bin/abi-load
sratoolkit.2.10.0-centos_linux64/bin/abi-load.2
sratoolkit.2.10.0-centos_linux64/bin/abi-load.2.10.0
sratoolkit.2.10.0-centos_linux64/bin/align-info
sratoolkit.2.10.0-centos_linux64/bin/align-info.2
...
3.配置環(huán)境：最好先pwd先查看自己的具體路徑，避免出錯(cuò)，配置好之后可以?prefetch -V查看一下是否路徑添加成功.
$ ls
sratoolkit.2.10.0-centos_linux64? sratoolkit.2.10.0-centos_linux64.tar.gz
$ cd sratoolkit.2.10.0-centos_linux64/
$ ls
bin? CHANGES? example? README-blastn? README.md? README-vdb-config? schema
$ cd bin
$ pwd
/home/user/test2/sratoolkit.2.10.0-centos_linux64/bin
$ echo 'export export PATH=$PATH:/home/user/test2/sratoolkit.2.10.0-centos_linux64/bin' >> ~/.bash_profile
$ source ~/.bash_profile
$ prefetch -V
/home/user/test/sratoolkit.2.10.0-centos_linux64/bin/prefetch : 2.10.0
4.prefetch 單個(gè)數(shù)據(jù)下載：
????以SRR548905為例：
$ prefetch SRR5489805
2020-01-14T05:42:57 prefetch.2.10.0: 1) Downloading 'SRR5489805'...
2020-01-14T05:42:57 prefetch.2.10.0: Downloading via https...
...
5.prefetch批量下載數(shù)據(jù)：
????獲取Accession List：
? ??????進(jìn)入NCBI的SRA數(shù)據(jù)庫(kù)輸入SRP號(hào)：
????Accession List大概長(zhǎng)這個(gè)樣子：
$ prefetch --option-file SraAccList.txt
下載完成后，文件被存儲(chǔ)在默認(rèn)目錄：/home/usr/ncbi/public/sra/
二.wget 下載（推薦）：
1.wget 單個(gè)數(shù)據(jù)下載：以SRR5489805為例，建議掛后臺(tái)，如果網(wǎng)速給力的話就直接下.
? ? 獲取下載地址：
$ wget https://sra-download.ncbi.nlm.nih.gov/traces/sra60/SRR/005361/SRR5489805 &
[1] 29674
$ --2020-01-14 14:16:05-- https://sra-download.ncbi.nlm.nih.gov/traces/sra60/SRR/005361/SRR5489805
正在解析主機(jī) sra-download.ncbi.nlm.nih.gov (sra-download.ncbi.nlm.nih.gov)... 130.14.250.24, 130.14.250.25, 130.14.250.28
正在連接 sra-download.ncbi.nlm.nih.gov (sra-download.ncbi.nlm.nih.gov)|130.14.250.24|:443... 已連接。
已發(fā)出 HTTP 請(qǐng)求，正在等待回應(yīng)... 200 OK
長(zhǎng)度：3491558416 (3.3G) [application/octet-stream]
正在保存至: “SRR5489805.1” 0% [ ] 646,937 188KB/s 剩余 5h 1m
2.wget批量下載數(shù)據(jù)：
? ? 獲取下載地址：在Send to下選擇Runinfo而不是Accession List：
文件大概長(zhǎng)這個(gè)樣子：
然后把這些下載地址保存在一個(gè)新的文件中：
然后利用wget -i 文件 直接下載：
$ nohup wget -i download_path.txt &
[1] 30328
$ nohup: 忽略輸入并把輸出追加到"nohup.out"
SRA數(shù)據(jù)的下載方式還有很多，但是我個(gè)人比較推薦wget直接下載，掛后臺(tái)穩(wěn)定高效，大家也可以搜索一下其它的下載方式，找到一個(gè)適合自己的。
SRA數(shù)據(jù)下載就只能分享這么多了，希望各位大佬多多批評(píng)指教。
下一期預(yù)告：SRA數(shù)據(jù)(2)------SRA數(shù)據(jù)處理
