在安裝R包MTA時發(fā)現(xiàn)有些依賴的包沒有安裝，反正在家閑來無事，就拿出手記錄一下吧：

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• 先找一個看著簡單的R包fda試試吧：

2020-02-07 14-32-59屏幕截圖.png

bingo!安裝上了！

• 接著安裝toOrdinal,同樣是使用BiocManager::install()命令，問題也得到了很好的解決，安裝過程就不截圖了～

• 在接下來，如法炮制，安裝matlib，到這里就遇到問題了，也是我這兩天一直在折騰的地方：

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有幾個包在安裝過程中遇到了報錯，那就再單獨安裝一下這幾個軟件看具體的報錯信信息，首先是curl，報錯信息如下：

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檢查$PATH后發(fā)現(xiàn)'pkg-config' 是在環(huán)境變量中的，但是我之前并未配置過$PKG_CONFIG_PATH，而且在相應(yīng)目錄/usr/local/lib/pkgconfig/下也沒有發(fā)現(xiàn)libcurl.pc文件，經(jīng)過網(wǎng)上搜索發(fā)現(xiàn)如下做法是可以解決這一問題的：

$wget https://github.com/curl/curl/releases/download/curl-7_55_0/curl-7.55.0.tar.gz
$./configure
$make 
$sudo make install
$export PKG_CONFIG_PATH="/usr/local/lib/pkgconfig/"

哈哈哈哈，我終于搞定了這個問題......繼續(xù)！

這一問題解決后，立馬重新嘗試安裝R包matlib,原先安裝失敗的curl、rio、car都成功安裝，除了rgl以外，具體的報錯信息如下：

2020-02-07 16-01-54屏幕截圖.png

在網(wǎng)上查了半天，都在說需要安裝可以提供gl.h文件的軟件，比如說mesa-common-dev，但是通過查詢我使用的服務(wù)器上已經(jīng)安裝了相關(guān)的軟件，把這個文件添加到環(huán)境變量中或者重新安裝相關(guān)也沒有作用。

所以我暫時還沒有找到解決這一問題的辦法，待我再查詢一番......ps：安裝R包什么的最麻煩啦.......

aaaaa，搗鼓了好久都沒有搞定，先不管他了，回頭再弄他！

---------------------------手動分割線---------------------------------

• adephylo

同樣是使用BiocManager::install()安裝adephylo，又雙叒叕遇到了問題，問題出現(xiàn)在了依賴包sf上：

2020-02-10 10-12-40屏幕截圖.png

解決策略是缺啥安啥：

$apt-file search gdal-config
libgdal-dev: /usr/bin/gdal-config
libgdal-dev: /usr/share/man/man1/gdal-config.1.gz
libgdal-doc: /usr/share/doc/libgdal-doc/gdal/gdal-config.html

$sudo apt-get install libgdal-dev

剛才的報錯沒了，在安裝R包sf現(xiàn)在又出了另外一個報錯：

2020-02-10 10-34-43屏幕截圖.png

單獨安裝sf查看報錯信息`
安裝報錯：

2020-02-10 16-16-51屏幕截圖.png

哎......要瘋，搗鼓了一個下午都沒把這個sf安上......

-----------再來個手動分割線-------------

突然覺得自己傻暴了......我是在conda的虛擬環(huán)境中安裝的R 3.6，卻一直沒想到用conda去安裝R包，昨晚上突然回過味兒之后，一直困擾我的問題就迎刃而解了！

這次我不管什么rgl和sf了，直接去安裝matlib和adephylo：

$conda install r-matlib
$conda install r-adephylo

經(jīng)過一串的刷屏后，包成功安裝!

• 所有的依賴包都已經(jīng)成功安裝，那么最后就是安裝MTA自然也不會再出現(xiàn)什么問題：

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• 來個不成熟的總結(jié)

在conda虛擬環(huán)境中，若使用以往的方式去安裝包或者軟件，很容易就會遇到這個庫那個軟件無法訪問的類似問題，我把它歸結(jié)到conda虛擬環(huán)境與系統(tǒng)環(huán)境的兼容問題上（可能就是不知道哪里的路徑出了啥妖蛾子），最直接的解決方法就是用conda去安裝??！省去了惡心的編譯過程，當(dāng)然如果conda沒有提供相應(yīng)的軟件或者安裝包，那就沒的辦法了！！

-------------------總結(jié)是不成熟的---------

因為服務(wù)器昨天恢復(fù)至去年10月，我還得重新安裝一下相應(yīng)的包，不過沒關(guān)系，相信有了先前的經(jīng)驗，這次一定會順風(fēng)順?biāo)?/p>

$conda create --prefix=/k11e/pvdisk/fastbase/Users/zhanghuanhuan/projects/conda_env R=3.6
#經(jīng)檢查，目前想要安裝MTA，我缺少的包有adephylo、fda、ggplot2、reshape2、toOrdinal和matlib，使用conda install一條命令即可解決問題！
$conda install r-adephylo r-fda r-ggplot2 r-reshape2 r-toOrdinal r-matlib

最后將我提前下載好的MTA package 安裝一下就完成拉！

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多簡單！現(xiàn)在想想之前在那為解決報錯抓耳撓腮真是蠢透了......