安裝前準(zhǔn)備
? ? ? ? 在上一篇筆記中提到， ProDy 是一個免費開源的 Python 模塊，因而可以采用多種 Python 模塊的安裝方式進(jìn)行選擇。
? ? ? ? 瀏覽官網(wǎng)的安裝教程發(fā)現(xiàn)，ProDy 除自身外還依賴于多個外部的模塊：NumPy、Biopython、SciPy，同時官方還建議安裝 Matplotlib 用于繪圖，IPython 用于交互。因而，在安裝使用ProDy之前需要先行安裝上述模塊。
pip 工具進(jìn)行安裝
? ? ? ? pip是首選的安裝程序，從Python 3.4開始，它默認(rèn)包含在Python二進(jìn)制安裝程序中，在多個操作系統(tǒng)下均可使用。
? ? ? ? 利用 pip 工具進(jìn)行安裝僅需要在終端輸入如下的一行指令即可：
pip install prody
下載至本地進(jìn)行安裝
? ? ? ? 若系統(tǒng)中 pip 工具無法使用，則可以從 PyPI 官網(wǎng)中的 ProDy 網(wǎng)頁下載安裝包至本地，執(zhí)行其中的 setup.py 文件后完成安裝。
? ? ? ? 完成下載后，終端命令行如下：
tar -xzf ProDy-1.11.tar.gz
cd ProDy-1.11
python setup.py build
sudo python setup.py install
Anaconda 簡化安裝
? ? ? ??Anaconda 解決了官方Python的兩大痛點：提供了包管理功能，Windows平臺安裝第三方包經(jīng)常失敗的場景得以解決；提供環(huán)境管理功能，解決了多版本Python并存、切換的問題。conda 是一種 Python 環(huán)境管理程序，conda 和 Anaconda一起能解決很多環(huán)境、包管理的問題。同時，本文最開始提到的 NumPy、SciPy、Matlotlib 庫均為 Anaconda 自帶，因而安裝 Anaconda 后進(jìn)行安裝 ProDy 的模塊將更為便捷。
? ? ? ?關(guān)于 Anaconda 更為細(xì)節(jié)的使用和描述詳見官網(wǎng)：https://www.anaconda.com
檢驗安裝結(jié)果
? ? ? ? 完成安裝后，有兩種方法檢驗是否安裝成功。
方法一：
? ? ? ? 終端輸入：
ProDy
? ? ? ? 出現(xiàn)類似下圖的回顯證明安裝成功：
方法二：
? ? ? ? 打開 Python IDLE / Jupyter Notebook / Spyder 等交互式工具，執(zhí)行 Python 語句：
import prody
? ? ? ? 若無報錯，則證實安裝成功。
PS：
? ? ? ? 可能出現(xiàn)警告信息是因 Biopython的某些方法導(dǎo)致，如下圖所示的 Bio.SubsMat 的相關(guān)方法已經(jīng)進(jìn)行了更新，原有的方法被取代。可根據(jù)提示信息進(jìn)行代碼或版本的調(diào)整，一般情況下該報錯產(chǎn)生影響較小，不會影響最終結(jié)果。
