# 函數(shù)功能簡介：使用HLA-HD軟件來識別HLA typing

# 創(chuàng)建作者: Van Linun

# 日期：2020/9/7

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#函數(shù)名稱：getHLATyping

#' @param InDir: 待處理的fastq文件存放路徑 如：/IJob/J33/Data/SRP102119_BC_12P22M34NSamples_WES/_AfterFASTQC_/_AfterAlign_?

#' @param isPaired: 是否是雙末端序列，如果是，則會把兩個fastq合并成一個，默認為TRUE

#' @param OutDir: 每一個人的HLA typing

#' 如果未指定OutDir,那么程序會在當前目錄下創(chuàng)建一個名為HLAResult的目錄,把結(jié)果都存放于這里.

#' @return 每個患者會生成一個文件夾

#'? 識別雙末端序列需要以下劃線標識，如SRR5357677_1.fastq，SRR5357677_2.fastq

#'? !!!手動修改.bash_profile中的PATH變量，在前面加上/home/wanly2018/RelatedSoftware/HLAIITypingTools/hlahd.1.3.0/bin:

#'example

#'getHLATyping(InDir = "/pub6/temp/WLY/SRP102119_BC_12P22M34N/Fastq", OutDir = "/home/wanly2018/RelatedSoftware/HLATyping")

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