linux的軟件安裝

豆花寄語：學習Linux一定要拋棄圖形界面的思維。Linux命令行中沒有圖形，沒有窗口，沒有雙擊，有的只是代碼。

今日內(nèi)容：

• 簡單了解conda--“l(fā)inux的應(yīng)用商店”
• 給服務(wù)器下載conda（或精華版--miniconda）
• 安裝和配置miniconda
• 【重點】使用miniconda：查看已安裝的軟件、搜索、安裝、卸載（生信需要的）軟件（以fastqc為例）
• （選修）不同的生信實戰(zhàn)項目，需要定制conda的分身

準備工作（按照教程逐步完成）

• miniconda的下載
  1. 百度/谷歌搜索“miniconda 清華”（是清華的conda鏡像網(wǎng)站），進入https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
     會看到linux下面有64-bit（x86_64）、32-bit(x86)兩種版本
  2. 接下來，查看服務(wù)器是多少位的：輸入命令 uname -a
  3. 安裝最新版本（latest）
  4. 右鍵-復制下載鏈接
• 登陸服務(wù)器，進入biosoft目錄，沒有就新建一個（輸入時可以試試自動補全功能：鍵盤上的Q前面那個Tab鍵，在home目錄下，打出cd b，按Tab就可以自動補齊。cd ~/biosoft）
• 用到wget命令：wget 剛才你復制的下載鏈接
• 關(guān)于linux的復制粘貼：選中，鼠標左鍵點一下是復制，右鍵點一下是粘貼

• 清華鏡像

  
  
  清華鏡像

conda的使用

conda的使用.png

• 查看當前服務(wù)器上安裝的所有軟件列表：conda list
  
  conda list
• 搜索conda軟件（以數(shù)據(jù)質(zhì)控軟件fastqc為例）：conda search fastqc
• 安裝軟件：conda install fastqc -y 【-y是yes，安裝過程中conda問你的問題全部回答yes】
  
  亂七八糟的安裝
• 卸載軟件：conda remove fastqc -y

選修部分——定制分身

• 什么叫conda環(huán)境

生信實戰(zhàn)中，需要分析轉(zhuǎn)錄組、基因組組裝、重測序等多個項目。每一個項目都需要不同的軟件，另外軟件之間的結(jié)合也是需要版本要求的，比如A項目你需要用a軟件V 1.0版本，但是處理B項目又需要用到a軟件的V 1.5版本，怎么辦？辦法就是——分身：根據(jù)項目需要，定制不同的分身，安裝不同的軟件，互不干擾。這個分身就是不同的“conda environment”。

• 先查看當前conda有哪些環(huán)境（前面帶*的環(huán)境就是當前的默認環(huán)境）：conda info --envs
  

  查看conda有哪些環(huán)境

• 以處理轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)為例：conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
  先建立一個名叫rnaseq的conda環(huán)境，然后指定python版本是3，安裝軟件fastqc、trimmomatic（這兩個可以一步完成）(這里指定python版本是因為有的軟件是基于python開發(fā)的)
  

  image.png

• 創(chuàng)建完之后再次查看一下conda環(huán)境：conda info --envs
  多了一個rna-seq，但是默認還是base
  

  image.png

• 激活新的conda環(huán)境：conda activate rna-seq
  這時，默認的*就會轉(zhuǎn)移到rna-seq前面；另外會發(fā)現(xiàn)在用戶名root前面出現(xiàn)了(rna-seq) ；接著輸入fastqc試試，如果出現(xiàn)下面的一大片信息就說明可以使用了。（了解一下：其實這些是幫助信息，你只輸入了一個軟件名稱，沒有給他跟上操作對象，所以他不會執(zhí)行命令，就給你顯示幫助文檔讓你看看，提供下安全感而已。）
  

  image.png

• 如果要退出當前環(huán)境：conda deactivate

conda環(huán)境相關(guān)的代碼【從yikedou同學的作業(yè)中復制的?。【瞎兄x】

#創(chuàng)建環(huán)境
conda create -n QC python=3

#創(chuàng)建環(huán)境及安裝軟件一步完成
conda create -n QC python=3 fastqc  -y

#進入環(huán)境
conda activate QC

#刪除環(huán)境
conda remove -n QC --all

#復制環(huán)境
conda create -n QC --clone QC_new