RELION程序使用手冊閱讀筆記
一、基礎準備工作及RELION軟件的開啟
1.創(chuàng)建一個大文件夾，大文件夾中應該有一個小文件夾，小文件夾一般命名為“Movies”，里面用來存放你收集到的數(shù)據(jù)。
2.GUI的開啟一般都是在大文件夾的目錄底下開啟。
3.第一次在新的文件夾目錄下開啟RELION這個軟件的時候，不要使用&這個符號把軟件掛在后臺。
二、使用步驟的具體說明
1.第一件事情就是把你得到的數(shù)據(jù)導入進RELION這款程序進行操作，從作業(yè)目錄中選取“Import”這一項，并按如下操作：
然后為你整一個宏偉的工程取一個響當當?shù)拿?，為了方便起見，這里暫時將這項工程命名為“movies”。做完這一步后，會有一個Import/job001的文件夾被生成，另外還有一個軟鏈接Import/movies，同時會有一個.star文件生成：Import/job001/movies.star
2.光束誘導運動校正
這是第一步對數(shù)據(jù)采取的矯正，按如下步驟設置參數(shù)并運行矯正功能：
在I/O tab中：
在Motioncor2 tab中：
3.Contrast transfer function（對比度傳遞函數(shù)）CTF estimation
On the I/O tab, use the Browse button to select the corrected_micrographs.star file of the Motion correction job.
在 I/O tab中：
在Searches tab中：
如果你使用了GCTF算法，就要忽略掉CTFFIND-4.1 和 vice versa兩個tab
在gctf tab中：
當經過CTF estimation之后，會對每一個圖像有一個處理的文件產生，他們被放在CtfFind/job003/Movies的文件夾中。
4.Manual particle picking
在I/O tab下，選擇CtfFind/job003下的micrographs_ctf.star，忽略color tab這一個，在display tab下填寫如下參數(shù)：
在這個過程結束后：
However, as we will use the LoG-based autopicking in the next section,
you do not need to pick any if you don’t want to.If you were going to
use manually picked particles for an initial 2D classification job, then you would
need approximately 500-1,000 particles in order to calculate reasonable class
averages. Left-mouse click for picking, middle-mouse click for deleting a picked
particle, right-mouse click for a pop-up menu in which you will need to save
the coordinates!. Note that you can always come back to pick more from where
you left it (provided you saved the star files with the coordinates throught the
pop-up menu), by selecting ManualPick/job004 from the Finished jobs and
clicking the Continue now button.
5.LoG-based（Laplacian-of-Gaussian） auto-picking
在Subset selection job進程中，在I/O tab中把其他所有東西都留空不做任何操作，除了這一欄目里選擇：
這個文件是我們在上一步中選取了若干個粒子以后生成的。
點擊run 按鈕以后
使用“文件”菜單進行“反向選擇”;單擊前五張縮微照片前面的復選框，選擇這些縮微照片;然后再次使用“File”菜單來“Save selection”。這將產生一個名為ManualPick / job004 / micrographs_selected.satr的文件
我們將用它來做下面的Auto-picking job
在Auto-picking job中的I/O tab中：
在Laplacian tab中：
忽略References tab這一欄，在autopicking tab中，忽略前4個選項，在后面的選項中，如下所示操作：
一般我們浙江大學冷凍電鏡服務中心是可以使用GPU的，應老師已經租過一個了。
忽略Helix tab，在Running tab中運行單一的MPI processor。
6.Particle extraction
在Particle extraction job中：
在I/O tab中：
在 extract tab中，如下：
與上一個步驟同樣的操作：Ignore the Helix tab, and run using a single MPI processor.
在經過這一步操作后，我們得到的粒子將會以.MRC的文件格式保存在Extract/job007/Movies/這個文件夾中。
另外，It’salways a good idea to quickly check that all has gone OK by visualising yourextracted particles selecting out:
particles.star from the Display: button.Right-mouse clicking in the display window may be used for example to select
all particles (Invert selection) and calculating the average of all unaligned particles (Show average of selection).
7.Making templates for auto-picking（為自動選取制作模板）
在2D classification進程中：
在I/O tab中，選擇文件：Extract/job007/particles.star ；
在CTF tab中，設置參數(shù)如下：
在Optimisation tab中，設置參數(shù)如下：
在 Sampling tab 我們基本不改變任何參數(shù)
Ignore the Helix tab, and on the Compute tab, set:
8.Selecting templates for auto-picking（為自動挑選選取相應的模板）
在I/O tab中選擇文件：Class2D/LoG_based/run_it025_model.star
在Class options tab中，參數(shù)如下：
9.Auto-picking(自動選?。?/p>
在auto-picking tab中，需要四個很重要的參數(shù)：Picking threshold, the Minimum inter-particle distance,
the Maximum stddev noise, and the Minimum avg noise
在I/O tab中，設置參數(shù)如下：
在References tab中，設置參數(shù)如下：
在autopicking tab中，設置參數(shù)如下：
與之前幾步操作同樣的是：
Ignore the Helix tab, and run using a single MPI processor on the Running tab。
10.Particle sorting
在I/O tab中：
在CTF tab中：
Though
we did not do this for the tutorial, one could then go to the Subset selection
gui, on the I/O tab load the particles_sort.star file, and on the Subsets
tab set:
