1937年8月1日起，交通大學(xué)劃歸教育部管轄，更名為國立交通大學(xué)。按照教育部的要求，科學(xué)學(xué)院改稱理學(xué)院，機土電三學(xué)院改稱系，合組工學(xué)院。

戰(zhàn)爭烽火

1937年11月12日，日軍占領(lǐng)上海，交大校舍被日寇強占，本校不得不多方設(shè)法在法租界內(nèi)維持上課。至1940年由于后方抗戰(zhàn)和建設(shè)急需工程人才，在重慶小龍坎籌建交通大學(xué)分校；后又逐漸擴建、發(fā)展，于1942年8月在重慶九龍坡建立國立交通大學(xué)本部。

1945年8月，日本帝國主義宣布無條件投降。交大渝校和滬校兩地的師生們積極復(fù)員，會合建校。1949年5月，上海解放，交大被上海軍管會接收。

院系調(diào)整

1952年前后，全國高校按照中央決定，仿效前蘇聯(lián)的高等教育模式開始院系調(diào)整。院系調(diào)整前．交大共設(shè)3個院，即理學(xué)院、工學(xué)院、管理學(xué)院，共17個系，即理學(xué)院的數(shù)學(xué)、物理、化學(xué)3個系，工學(xué)院的土木、機械、電機、航空、造船、工業(yè)管理、化工、輪機、水利、紡織等10個系及電信技術(shù)專修科，管理學(xué)院的運輸管理、財務(wù)管理、電信管理、航業(yè)管理等4個系，此外還設(shè)一電信研究所。