如何獲取sam文件中序列比對(duì)到哪條鏈，F(xiàn)LAG信息解讀

轉(zhuǎn)載自嘻皮悠的博客 http://blog.sina.com.cn/u/2054060511
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reads map到基因組上通常會(huì)產(chǎn)生bam/sam文件，但bam/sam文件中通常不直接給出reads mapping的正負(fù)鏈(+/-)信息。那么，如何獲取所有mapping到基因組正鏈或者負(fù)鏈的reads呢？

從sam文件的說明文檔中（http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf），我們得知，F(xiàn)LAG 0x10（十六進(jìn)制的10，相當(dāng)于十進(jìn)制的16）表示reads是否顯示為反向互補(bǔ)。因此，只需要對(duì)該位進(jìn)行過濾，即可知道read到底是map到了正鏈還是負(fù)鏈上。

第一種方法：（借鑒https://www.biostars.org/p/59388/）
(1)獲取所有mapping的reads
samtools view -F 4 reads.bam >mapped_reads.sam
(2)正鏈mapping的reads
gawk '(and(16, 2))' mapped_reads.sam > reverse_mapped_reads.sam (3)反鏈mapping的reads gawk '(!and(16,2))' mapped_reads.sam > forward_mapped_reads.sam

第二種方法：（來自https://www.biostars.org/p/14378/）
samtools view -F 20 ... : forward strand
samtools view -f 16 ... : reverse strand
samtools view -f 4 ... : unmapped

FLAG信息解讀網(wǎng)站：https://broadinstitute.github.io/picard/explain-flags.html

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