基本概念

相似性（similarity）

• 一種很直接的數(shù)量關(guān)系，比如部分相同或相似的百分比或其他一些合適的度量
• 如：A序列和B序列的相似性是80%

同源性（homology）

• 從一些數(shù)據(jù)中推斷出的兩個(gè)基因或者蛋白序列具有共同祖先的結(jié)論，屬于質(zhì)的判斷
• 可以說(shuō)A序列和B序列是同源序列，但不能說(shuō)同源性80%

常用工具

• BLAST
• BLAT

BLAST（Basic Local Alignment Search Tool，局部相似性基本查詢工具）

BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)或DNA數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行相似性比較的分析工具。BLAST程序能迅速與公開(kāi)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行相似性序列比較。BLAST結(jié)果中的得分是對(duì)一種對(duì)相似性的統(tǒng)計(jì)說(shuō)明。

https://www.biomart.cn/experiment/599/608/19912_0.htm

資源

• 網(wǎng)絡(luò)版：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
• 單機(jī)版：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/

網(wǎng)絡(luò)版BLAST

• Nucleotide BLAST：核酸與核酸比對(duì)
• Protein BLAST：蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)比對(duì)
• blastx：核酸與蛋白質(zhì)比對(duì)
• tblastn：蛋白質(zhì)與核酸比對(duì)
• BLAST Genomes：把序列對(duì)應(yīng)到基因組上去

網(wǎng)絡(luò)版BLAST

Nucleotide BLAST（blastn）

• Enter Query Sequence：提交序列的窗口
• Choose Search Set：BLAST參數(shù)選擇
  • Database：通常選擇nr數(shù)據(jù)庫(kù)（最全面）

BLAST查詢界面

完成設(shè)置之后點(diǎn)擊BLAST即可進(jìn)行BLAST分析

Protein BLAST（blastp）

• Enter Query Sequence：提交序列的窗口
• Choose Search Set：BLAST參數(shù)選擇
  • Database：通常選擇nr數(shù)據(jù)庫(kù)（最全面）
• Program Selection：通常選擇blastp

BLAT（The BLAST-Like Alignment Tool）

• 速度快（直接把數(shù)據(jù)庫(kù)索引讀入內(nèi)存，無(wú)需訪問(wèn)硬盤）
• 對(duì)于比較小的序列和大基因組的比對(duì)，BLAT是首選

資源

• 網(wǎng)絡(luò)版：http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat

操作方法

• Genome：選擇物種，比如人
• Assembly：版本號(hào)
• Query type：用于查詢的序列類型（DNA/蛋白質(zhì)）
• Sort output：結(jié)果排序方式
• Output type：輸出格式
  • hyperlink：指向結(jié)果的超鏈接，便于可視化
  • psl：制表符分隔的表格，便于數(shù)據(jù)處理

查詢結(jié)果（hyperlink）

詳情

點(diǎn)擊Browser可以進(jìn)入詳情界面

BLAT分析結(jié)果

查詢結(jié)果（psl）