linux app store之bioconda

1、簡介
conda是大Boss，最初為管理python包而建立，它是一個大的涵蓋許多領(lǐng)域的軟件包管理器。
anaconda是總管，職務(wù)比conda低。miniconda是區(qū)域經(jīng)理，主要負(fù)責(zé)生信領(lǐng)域。
從官方推薦最簡單的方式入手--miniconda。
2、下載和安裝miniconda
Miniconda 是一個 Anaconda 的輕量級替代，默認(rèn)只包含了 python 和 conda，但是可以通過 pip 和 conda 來安裝所需要的包。
1)查看服務(wù)器系統(tǒng)位數(shù)
輸入命令uname -a
2)下載地址
清華大學(xué)開源軟件鏡像站
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
3）選擇最新版本，右鍵復(fù)制鏈接地址
4）回到服務(wù)器，進(jìn)入想要安裝的目錄。輸入命令下載miniconda
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
5）安裝miniconda
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
安裝過程中會不停按enter和yes。

image.png

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

粘貼上述命令行，按回車。
3、使用conda
1）查看當(dāng)前服務(wù)器上安裝的所有軟件列表
conda list
2）搜索conda軟件, eg.
conda search fastqc
3）安裝軟件
conda install fastqc -y
-y是yes，安裝過程中conda問的問題全部回答yes。
默認(rèn)安裝最新版本，若要安裝指定版本，可以輸入命令：
conda install fastqc=0.11.7 -y
4）卸載軟件
conda remove fastqc -y
5）查看conda環(huán)境
不同的項(xiàng)目分析需求不同的軟件和不同的版本，按照項(xiàng)目定制不同分析流程（分身），安裝不同的軟件，互補(bǔ)干擾。這個分身就是不同的環(huán)境。
conda info --envs
前面帶*的就是默認(rèn)的。
6）新建環(huán)境
例：分析轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)
i）建立名為rnaseq的conda環(huán)境，指定python版本是3，安裝軟件fastqc、trimmomatic。
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
ii）創(chuàng)建之后再查看環(huán)境是否多了新建的環(huán)境。
iii）激活新的conda環(huán)境。
conda activate rna-seq
iv）退出當(dāng)前環(huán)境
conda deactivate