從qPCR溶解曲線判斷PCR產物的相對大小

在做qPCR的時候,40個循環(huán)之后,都會插入一步(6):繪制溶解曲線。

Fig1.PNG

結束以后會出現下面的結果
Fig2.PNG

RFU為熒光單位,隨著溫度的升高,熒光值一直在下降,表明DNA雙鏈在變性成為單鏈,但是下降速率卻是不一樣的,如綠色的線大概在85°后下降變快,藍色和紅色的線卻在85°前下降變快,求它的導數(-d(RFU)/dT)即為對應的下降速率,如下圖:
Fig3.PNG

那么,溶解峰會給我們提供什么信息呢?

上圖的三種顏色代表了我三種不同的PCR產物片段(3個基因)
從左至右依次(產物名稱,產物大小,GC含量,GC堿基對):
A(藍色),141bp,59%,84
B(紅色),138bp,61%,85
C(綠色),169bp,58%,99
結果會發(fā)現,溶解溫度與產物的含有的GC堿基對數是正相關的(應該不是線性相關)
如果三個產物的GC含量一樣,那么就可以大致判斷,A<B<C,對應的他們的GC堿基對數:A<B<C
溶解峰單一表明PCR產物特異性好,
最大峰處對應的溫度為PCR產物(不是引物)的Tm值,此時產物DNA片段一半為雙鏈,一半為單鏈。
此外,PCR形成的引物二聚體溶解峰會在低于80°出現(分子量小)。

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