方式1：SwissDock?

www.swissdock.ch/docking/view/swissdockd_X0ivbA_MD94LBUQL0XHMQPD2ZX9

根據(jù)提示上傳大分子和小分子即可（有時(shí)網(wǎng)站不穩(wěn)定，上傳不了或者搜索不了都為正常情況）

1.????? 分析結(jié)果全部下載

2.????? Open（用 chimerae打開即可）

方式2：autodock（該軟件在python語言中運(yùn)行）

準(zhǔn)備工作：將文件

粘貼至新的文件夾中，雙擊adt.bat即可打開改路徑下的文件。

1.??? 蛋白質(zhì)的處理：（也可以用pymol處理）

①加H

②計(jì)算電荷

③蛋白質(zhì)類型（atoms assign AD4）

Save文件為.pdbqt

2.???? 小分子處理：

①Ligant（注意更改識別文件）

②ligant-input-open（Mol2文件，該文件可直接從ZINC database中下載Mol2格式，也可以自己畫圖再用openbabel進(jìn)行轉(zhuǎn)換）

③Torsion Tree：detect-choose Torsions

Ligant-save

3.????? Grid-macmolecule-open

Grid-set map type-open ligant

4.????? 設(shè)置對接范圍?grid-grid box

根據(jù)文獻(xiàn)確定活性位點(diǎn)，若沒有參考資料則可將大分子都選中（切記不能框住小分子）

File-saving current

Grid-output（.gpf file）切記文件名加后綴.gpf

5.????? Run autogrid（自動(dòng)識別.gpf）

設(shè)置：輸出文件在同一路徑下的文件夾，后綴改名為.glg（該過程運(yùn)行時(shí)會(huì)產(chǎn)生多個(gè)map文件，運(yùn)行時(shí)間約10min）

Edit-delete（刪除軟件中顯示的現(xiàn)有文件）

6.???? 分子對接

Docking- macmolecule-rigid（根據(jù)自己的需要選擇）

Docking-ligant

運(yùn)行算法：Docking-search parameters-genetic（默認(rèn)，根據(jù)需求進(jìn)行選擇，其中l(wèi)ocal是最快的計(jì)算方式，但是需要重復(fù)多次進(jìn)行運(yùn)算，平均一次5min左右）；

Output（什么算法導(dǎo)出什么文件），加后綴.dpf

運(yùn)行run autodock-accept（該步驟生成.dlg的文件）

7.????? 查看對接結(jié)果：

Analyze-docking-open（打開.dlg文件）

加protein：Analyze-macmolecule

分析：Analyze-conformations-play，rankand energy

Show information / build H-binds

導(dǎo)出：write complex（加后綴.pdbqt）

用openbabel將格式轉(zhuǎn)換為.pdb文件。

8.?????? Pymol軟件可視化

打開上述.pdb文件

顯示氫鍵：[S]顯示sequence，選中小分子和蛋白位點(diǎn)（上述預(yù)測的結(jié)果）

Show sticks

Action-find-excluding main chain（顯示氫鍵）

顯示距離：atoms（and joints）/工具欄中wizard可計(jì)算與顯示距離

更改背景為白色：工具欄中background-white

顯示殘基：selection resides條件下操作-label

and joints條件下control+殘基可改變標(biāo)記位置

右鍵Ray1200更改分辨率

Export

最終顯示如下：

圖片參考來源: https://www.wecomput.com/wp-content/uploads/2015/10/Docking.png