一、MultiQC介紹
NGS技術(shù)的進步催生了新的實驗設(shè)計、分析類型和極高通量測序數(shù)據(jù)的生成。對于這些數(shù)據(jù)的質(zhì)量評估，每一步分析結(jié)果的評估是后續(xù)結(jié)果可信度的衡量和保障。不少生信工具都可以給樣品生成一個評估結(jié)果，如FastQC、Qualimap 和RSeQC等 (39個轉(zhuǎn)錄組分析工具，120種組合評估)。但是這時又出現(xiàn)了一個難題，那就是幾乎所有的質(zhì)控工具都是針對單個樣本生成一個報告，這就要求用戶自己去逐一查找各個QC結(jié)果，這無疑是個十分耗時、重復(fù)又復(fù)雜的事，而且還不能快速看出所有樣本的異同。
那能否把所有質(zhì)控結(jié)果整合在一起呢？可以自己寫程序造輪子（我們之前就是這么做的）。但現(xiàn)在有了MultiQC，基于Python的小工具很好地解決了這個繁瑣的事情，其強大的功能主要體現(xiàn)在以下三個方面：
1）能將測序數(shù)據(jù)的多個QC結(jié)果整合成一個HTLM網(wǎng)頁交互式報告，同時也能導(dǎo)出pdf文件；
2）支持多種分析類型的質(zhì)控結(jié)果查看，如：RNAseq、Whole-Genome Seq、Bisulfite Seq、Hi-C和MultiQC_NGI；
3）支持整合68種軟件分析的結(jié)果，而且支持的軟件還在持續(xù)增加，也可以自己寫作一個插件，具體見下圖。
二、安裝MultiQC
依賴python2.7+, 3.4+ 或者 3.5+
# pip安裝
pip install git+https://github.com/ewels/MultiQC.git #Installation with pip
# conda安裝
conda install -c bioconda multiqc # Installing with conda
三、運行MultiQC
直接指定MultiQC要分析的文件路徑即可，若數(shù)據(jù)在當(dāng)前目錄下輸入multiqc .即可。
multiqc .
multiqc data/
multiqc data/ ../proj_one/analysis/ /tmp/results
multiqc data/*_fastqc.zip
multiqc data/sample_1*
使用--ignore忽略掉某些文件
multiqc . --ignore *_R2*
multiqc . --ignore run_two/
multiqc . --ignore */run_three/*/fastqc/*_R2.zip
四、MultiQC報告解讀（以RNA-Seq數(shù)據(jù)為例）
1. General Statistics
每一個樣本reads數(shù)量、比對層面的質(zhì)量評估整合統(tǒng)計表，點擊Configure Columns可以選擇顯示或不顯示某些項。點擊Plot可以繪圖。
點擊Configure Columns選擇展示哪些項
點擊Plot可以對任意兩種屬性的評估結(jié)果做交互式二維圖，若各樣本均一性好，散點會比較集中，反之會出現(xiàn)某些離散的點，這樣方便查看某些指標(biāo)異常的離群樣本。
2. featureCounts
利用featureCounts工具計算每個基因外顯子的reads數(shù)的結(jié)果展示。featureCounts不僅可以支持gene的定量，也支持exon, gene bodies, genomic bins, chromsomal locations的定量。功能類似的軟件是HTSeq。
軟件官網(wǎng)：http://bioinf.wehi.edu.au/featureCounts/
3. STAR
基于STAR比對工具的分析結(jié)果，STAR會將沒有paired mapping的reads都剔除，避免single reads比對到基因組上；并且STAR對lower-quality（采用more soft-clipped和錯配堿基）比對有較高的容忍度。
軟件官網(wǎng)：https://github.com/alexdobin/STAR
更多分析工具比較見：轉(zhuǎn)錄組分析工具大比拼
4. Cutadapt
用cutadapt軟件來對雙端測序數(shù)據(jù)進行預(yù)處理，去除接頭和低質(zhì)量堿基。
對測序數(shù)據(jù)進行過濾時cutadapt對測序數(shù)據(jù)進行識別、剪切并去除adapters, primers , poly_A等序列，移除被adapter污染的reads部分（指由于插入片段長度不夠，測序儀讀到的測序引物等序列）。具體見NGS基礎(chǔ) - 高通量測序原理。
軟件官網(wǎng)：https://cutadapt.readthedocs.io/en/stable/
5. FastQC
MultiQC將fastqc工具分析得到的10個結(jié)果分別整合成一個模塊，集中查看。
軟件官網(wǎng)：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
具體的關(guān)于FastQC報告解讀可以見歷史推文：NGS基礎(chǔ) - FASTQ格式解釋和質(zhì)量評估
MultiQC的可定制性也比較強，更多功能值得進一步探索。
