課程四：R語(yǔ)言基礎(chǔ)
R語(yǔ)言啦，感覺(jué)自己又要進(jìn)步了～～～
思維導(dǎo)圖：
老師言：
要學(xué)R語(yǔ)言了，R和Rstudio下載到自己電腦上。R需要的操作全部在自己電腦上，因此不涉及到服務(wù)器。（服務(wù)器可以配置自己的Rstudio，供大家遠(yuǎn)程登陸，用瀏覽器打開(kāi)后面加上：8787就可以登錄，但是阿里云并沒(méi)有自帶，用自己電腦完全可以的。）
如果你的電腦用戶名是中文的，需要多一個(gè)流程，這是因?yàn)橹形穆窂綍?huì)給你帶來(lái)麻煩。
來(lái)源：https://m.umu.cn/session/article/2jzz6c61c
學(xué)習(xí)內(nèi)容：
- 安裝R（基礎(chǔ)）和Rstudio（人性化一些的界面）
- 粗略了解R語(yǔ)言是什么，干什么的，認(rèn)識(shí)Rstudio的工作界面
- 學(xué)會(huì)外觀設(shè)置和基本操作
- 完成第一個(gè)R做的圖
準(zhǔn)備工作
第一步：查看你的電腦用戶名是中文還是英文
第二步：預(yù)防中文用戶名引起的報(bào)麻煩
花花的碎碎念---如果你安裝完成，要知道自己已經(jīng)邁過(guò)了好大好大的一個(gè)坑??！一般來(lái)說(shuō)你并不知道Rstudio需要英文用戶名，如果你自己發(fā)現(xiàn)了，那一般是在安裝上碰了壁，浪費(fèi)了好長(zhǎng)時(shí)間然后想明白，再去找教程改用戶名，就不是一兩小時(shí)能完成的事情了。網(wǎng)上有很多改用戶名的教程都不好用，你甚至看不懂他在說(shuō)什么。好的下載教程也不是隨手能找到的，教大家的搜索方法要學(xué)以致用，善假于物，站在前人的肩膀上飛的更高。
以下1- 2的 內(nèi)容來(lái)自：果子學(xué)生信 給自己一個(gè)全新的R語(yǔ)言環(huán)境
1. 下載R和Rstudio
1.1 下載R語(yǔ)言
網(wǎng)址： https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/
1.2 安裝R語(yǔ)言
然后就是下載后無(wú)腦安裝?？梢赃x擇一個(gè)大一點(diǎn)的盤(pán)，也可以不用管。
2. 下載Rstudio
2.1 下載Rstudio
網(wǎng)址：https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/
2.2 安裝Rstudio
無(wú)腦安裝
2.3 分別設(shè)置pakage和外觀
pakage的地方選擇清華鏡像源啊，外觀根據(jù)自己的需要。
2. 認(rèn)識(shí)R和Rstudio
- R是一種編程語(yǔ)言，也是統(tǒng)計(jì)計(jì)算和繪圖的環(huán)境，它匯集了許多函數(shù)，能夠提供強(qiáng)大的功能。
- R語(yǔ)言軟件界面簡(jiǎn)陋，通常不直接使用，而是用圖形界面的Rstudio。
- RStudio是免費(fèi)提供的開(kāi)源集成開(kāi)發(fā)環(huán)境（IDE）。RStudio提供了一個(gè)具有很多功能的環(huán)境，使R更容易使用，是在終端中使用R的絕佳選擇。
2.1 用Rstudio練習(xí)作圖
必應(yīng)查查plot和runif什么意思
2.1.1 練習(xí)一：plot
- 命令：
plot(rnorm(50))
-
結(jié)果：
image.png 分析：
2.1.2 練習(xí)二：boxplot
- 命令：
boxplot(iris$Sepal.Length~iris$Species,col = c("lightblue","lightyellow","lightpink"))
-
結(jié)果：
image.png 分析
- iris是一個(gè)R語(yǔ)言自帶的數(shù)據(jù)框，通常用作示例。iris$Sepal.Length表示iris數(shù)據(jù)框的Sepal.Length這一列數(shù)據(jù)。以此類推。
- 作圖說(shuō)簡(jiǎn)單也簡(jiǎn)單，只需要知道圖的名字，知道用的什么R包即可自行探索；說(shuō)難也難，別人的代碼套在自己的數(shù)據(jù)上，需要一定的R語(yǔ)言功底和解決報(bào)錯(cuò)的能力。
3. R語(yǔ)言基本操作
Rstudio最基礎(chǔ)(重要)入門(mén)命令_百度文庫(kù)
3.1 用R-project管理工作目錄
所謂工作目錄就是默認(rèn)的讀取和儲(chǔ)存位置，也就是說(shuō)，R語(yǔ)言只能和一個(gè)文件夾進(jìn)行互動(dòng)，這個(gè)文件夾非常重要，做不好就會(huì)導(dǎo)致你的腳本、文件、圖片各種亂跑，找不到。
查看這一篇，養(yǎng)成好習(xí)慣：
https://mp.weixin.qq.com/s/G-LXN9P2HVLv9v0cvyFJMA
以下3.1的所有內(nèi)容，均來(lái)自：R-project管理多個(gè)R工作目錄
正常情況下關(guān)于工作目錄的介紹是：
- 設(shè)置工作目錄：setwd()
- 查看工作目錄：getwd()
- 這樣的話，只設(shè)置了一個(gè)工作目錄。
當(dāng)你有多個(gè)項(xiàng)目并行的話，全都在一個(gè)文件夾下，會(huì)顯得比較亂，“你就會(huì)很lao火”。下面介紹如何并行多個(gè)項(xiàng)目，也就是多個(gè)工作目錄。
3.1.1 新建project
3.1.2 打開(kāi)R-project
生信技能樹(shù)創(chuàng)始人jimmy推薦，只用這一個(gè)方法打開(kāi)Rstudio。那么下次再要打開(kāi)這個(gè)項(xiàng)目時(shí)，只需要在文件夾中找到這個(gè)R project，雙擊打開(kāi)即可。
3.2 顯示文件列表
補(bǔ)充：Mac新建txt文檔
- 打開(kāi)Finder---點(diǎn)擊“應(yīng)用程序”－－找到“文本編輯器”。
- 點(diǎn)擊打開(kāi)文本編輯器，在彈出窗口中選擇“新建文稿”。
- 點(diǎn)擊頂部菜單欄中的“格式”，選擇“制作純文本”。
- 編輯文本內(nèi)容。
- 保存txt文件，點(diǎn)擊頂部菜單“文件”，選擇“存儲(chǔ)”，然后按圖選擇編碼格式和設(shè)置文件名稱，點(diǎn)擊“存儲(chǔ)”以保存。
直接打命令不跟路徑會(huì)顯示哪里？顯示默認(rèn)路徑，也就是工作目錄。
相當(dāng)于linux的ls。
dir()
3.3 加減乘除
命令+回車(chē)
3.4 賦值
- 賦值符號(hào)用<-，這是小于號(hào)加上減號(hào)，也可以按Alt加上減號(hào)
x<- 1+3 意思是把1+3的運(yùn)算結(jié)果賦值給x， 賦值后，x會(huì)顯示在右上角的框，Environment里的Value列表里。- 直接輸入x 回車(chē)，就會(huì)把x的值（4）打印到控制臺(tái)上,前面的那個(gè)[1]是結(jié)果的第一個(gè)，不用管他。
3.5 刪除變量
a<-3
b <- 1
c <- 4
u <- 5+6
rm(b)
rm(u,c)
rm(list = ls())#清空所有變量
ls（）
## Error: unexpected input in "ls?
括號(hào)是中文，會(huì)報(bào)錯(cuò)。
3.6 列出歷史命令
history()
相當(dāng)于鼠標(biāo)單擊右上角的history標(biāo)簽
當(dāng)你雙擊某個(gè)命令，他就會(huì)跳到你的控制臺(tái)大于號(hào)后面了，可以修改后運(yùn)行。
3.7 清空控制臺(tái)
快捷鍵"ctrl+l"
本筆記內(nèi)容基于生信星球?qū)W習(xí)小組第68期
感謝老師們的辛苦指導(dǎo)??！
