序列比對和序列特征分析總目錄

多序列比對的軟件很多，具體可參考https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/

另外還有http://www.bioinformatics.utep.edu/BIMER/tools/msa.html
https://www.expasy.org/genomics/sequence_alignment

工具很多，以下為推薦的在線版本工具：

- DNA多序列比對，推薦 MUSCLE or MAFFT.

- 蛋白質(zhì)多序列比對推薦 Clustal Omega.

最為普遍是引用的是Clustal，Muscle

其中Clustal有Clustal Omega，ClustalW和ClustalX3個(gè)版本。目前ClustalW2已經(jīng)不再提供在線服務(wù)。

1 Clustal

命令行的ClustalW和界面版的ClustalX

下載地址為http://www.clustal.org/download/current/

ClustalX

下載Clustalx-2.1-win.msi進(jìn)行安裝，窗口界面如下：

界面

注意：文件路徑不能含有中文

載入一個(gè)文件，顯示如下

image.png

Alignment進(jìn)行比對：Alignment--Do complete alignment，結(jié)果如下

結(jié)果解釋

“*”表示該列氨基酸完全一致
“:”表示該列不完全一致，但有高度保守的氨基酸
“.”表示雖不完全一致，但含有一般保守的氨基酸
空白表示該列氨基酸序列差異較大
對每列來說，顏色表示氨基酸的差異，其中空位用“-”表示
下方的柱狀圖（灰色柱子）代表序列區(qū)段的保守性，越保守越高。
對結(jié)果進(jìn)行輸出可構(gòu)建進(jìn)化樹

2Muscle