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圖表
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#1. 熱圖
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上調(diào)基因和下調(diào)基因是針對(duì)處理組而言。
下調(diào)基因-處理組比對(duì)照組表達(dá)量低的基因
2.散點(diǎn)圖和箱線圖
散點(diǎn)圖和箱線圖
散點(diǎn)圖——強(qiáng)調(diào)個(gè)體之間的關(guān)系
箱線圖——強(qiáng)化組與組之間的關(guān)系
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理解箱線圖的離群值
箱線圖越短說明數(shù)據(jù)越集中
越長(zhǎng)說明數(shù)據(jù)越離散
箱線圖和點(diǎn)圖適用于差異基因少的情況下使用。
3.火山圖
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FC和logFC
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logFC是以2為底數(shù)，
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logFC一般取1，1.2，1.5，1.75
4.主成分分析
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點(diǎn)點(diǎn)代表樣本，
點(diǎn)和點(diǎn)的距離代表兩個(gè)樣本的差異大小
大的點(diǎn)代表分組在坐標(biāo)系中的中心位置，不代表樣本
坐標(biāo)系中dim和括號(hào)中的數(shù)據(jù)沒有意義，不代表啥
典型PCA
左上圖：組間差別大于組內(nèi)差別。（為什么？）
左下圖：
右側(cè)圖：組間差別小于組內(nèi)差別
生信技能樹公眾號(hào)上“一文看懂主成分分析”
還是有點(diǎn)懵~~~~~~~
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GEO背景知識(shí)+表達(dá)芯片分析思路
1.表達(dá)數(shù)據(jù)的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)
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2.數(shù)據(jù)庫介紹
GEO
GEO組織層次
GSM/GSE/GPL
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基因表達(dá)芯片
探針是一組短的核苷酸序列，能與目的基因的一段序列雜交。
3.表達(dá)矩陣
表達(dá)矩陣的行名就是探針I(yè)D
列名是樣本編號(hào)
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要做的工作時(shí)把探針I(yè)D轉(zhuǎn)換為Gene Symbol
把GSM樣本分組
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3.差異分析
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探針注釋
自主注釋
差異分析的可視化
差異分析的可視化就是火山圖和熱圖
數(shù)據(jù)挖掘的本質(zhì)就是縮小基因的范圍~Jimmy
誰能從你邋遢的外表看到你美麗的內(nèi)心呢？~花花
有本書叫《JYXPXXX》，經(jīng)我堅(jiān)定沒啥用。
數(shù)量太少，你引用個(gè)毛線球？
