1.MCscan
MCscan繪制共線圖
MCscan需要準備cds.fasta和.gff注釋文件
cds.fasta文件可以從基因組序列中提取

# 提取cds
gffread in.gff3 -g ref.fa -x cds.fa
# gff文件轉換成bed文件
python3.6 -m jcvi.formats.gff bed --type=mRNA --key=Name example_1.gff -o example_1.bed
python3.6 -m jcvi.formats.gff bed --type=mRNA --key=Name example_2.gff -o example_2.bed
此處報錯請修改mRNA為gene 或者是--type修改為ID （根據(jù)gff文件而定）
# 將cds.fa文件轉換格式
python3.6 -m jcvi.formats.fasta format example_1.cds.fa example_1.cds
python3.6 -m jcvi.formats.fasta format example_2.cds.fa example_2.cds
# 此步驟生成.anchors文件
python3.6 -m jcvi.compara.catalog ortholog example_1 example_2 --no_strip_names
# 此步驟生成simple文件，進行過濾，此步驟會產(chǎn)生.anchors.simple文件 
# --minspan 過濾條件
python3.6 -m jcvi.compara.synteny screen --minspan=30 --simple grape.peach.anchors grape.peach.anchors.new 
# 或者 不過濾
python3.6 -m jcvi.compara.synteny screen --simple example_1.example_2.anchors example_1.example_2.anchors.new

配置layout文件

vi layout
# y, xstart, xend, rotation, color, label, va,  bed
 .6,     .1,    .8,       0,      , example_1, top, example_1.bed
 .4,     .1,    .8,       0,      , example_2, top, example_2.bed
# edges
e, 0, 1, example_1.example_2.anchors.simple

y：調整染色體上下位置
xstart：調整染色體左右的起始位置
xend：調整染色體的終止位置（可以計算染色體的長度，換算比例，在染色體共線圖中顯示染色體長度之間的關系。）
rotation：可以調整染色體的傾斜角度。
label：標簽，該信息會在染色體的左側顯示出來

配置seqids文件

vi seqids
Chr1,Chr2,Chr3 ...
Chr1,Chr2,Chr3 ...

可視化

python3.6 -m jcvi.graphics.karyotype seqids layout

如果為多個染色體之間的共線圖，依次添加信息。
例如

vi layout
# y, xstart, xend, rotation, color, label, va,  bed
 .6,     .1,    .8,       0,      , example_1, top, example_1.bed
 .4,     .1,    .8,       0,      , example_2, top, example_2.bed
 .2,     .1,    .8,       0,      , example_3, top, example_3.bed
# edges
e, 0, 1, example_1.example_2.anchors.simple
e, 1, 2, example_2.example_3.anchors.simple

vi seqids
Chr1,Chr2,Chr3 ...
Chr1,Chr2,Chr3 ...
Chr1,Chr2,Chr3 ...